基本概念GO分析和KEGG分析是生物信息学中常用的两种方法。它们都是用来研究基因功能的。基本概念:GO分析是通过对基因的序列信息进行分析来确定基因的功能的。KEGG分析是通过对基因的表达信… 生信风暴 GO、KEGG富集分析(一)有参情况 生信狗的修...发表于转录组分析 小众或非模式生物的自建库GO/KEGG富集分析 Pence
###KEGG、GO富集 ### kegg_enrich_results<-enrichKEGG(gene=gene_up_entrez,organism="mmu",#物种人类 hsa 小鼠mmu pvalueCutoff=0.05,qvalueCutoff=0.2)kegg_enrich_results<-DOSE::setReadable(kegg_enrich_results,OrgDb="org.Mm.eg.db",keyType='ENTREZID')#ENTREZIDto gene Symbol write.csv(kk_read...
而KEGG 是一个综合基因组及通路信息的数据库，不仅是一个基因通路的数据库，更是一个综合了基因组、化学及系统功能信息的庞大资源库。其下属的4大类和17个子数据库中，KEGG Pathway尤为引人注目，它专注于存储不同物种的基因通路信息，成为了研究中使用最为频繁的部分。◉ DAVID工具简介 功能富集分析涉及多种算法...
1.2 △ GO分析 GO分析从生物学过程（BP）、分子功能（MF）、细胞组分（CC）三个维度对基因功能进行详尽的注释，帮助我们深入理解基因的具体作用。1.3 △ KEGG分析 KEGG分析旨在揭示基因在代谢通路、信号通路以及与疾病相关的通路中所扮演的角色，从而为理解基因的复杂网络提供关键线索。富集分析，作为生物信息学...
侧重点不同:GO富集分析更侧重于基因功能的分类和描述,而KEGG富集分析更侧重于基因在生物网络中的位置和作用。 数据库不同:GO富集分析基于GO数据库,而KEGG富集分析基于KEGG数据库。 应用场景:两者在生物信息学研究中都有广泛应用,但具体应用场景可能有所不同。例如,GO富集分析可能更适用于功能预测和疾病机理研究,而KEGG...
1.GO富集 使用orgDb 在线shiny agriGO 2. KEGG富集 1.GO富集 使用orgDb 通过使用Bioconductor的AnnotationHub在线检索并抓取OrgDb。 非模式基因GO富集分析:以玉米为例+使用OrgDb 在线shiny 可以选择B73_v3和v4。 玉米GO富集分析 agriGO 物种进去,检索玉米Zea mays(maize) ...
GO分析:通过富集结果的p值和富集倍数,明确差异基因在特定功能类别中的代表性,例如“细胞外基质组织”功能显著富集,提示该过程在表型中的作用。 KEGG分析:通过通路富集显著性及基因覆盖度,解释差异基因在特定代谢或信号传导中的协同作用,例如“Wnt通路”的富集提示其可能驱动表...
富集分析是生物信息学中用于解读高通量数据、筛选关键蛋白等的重要手段。目前比较常用的富集分析主要包括 GO 富集分析和 KEGG 富集分析。GO(Gene Ontology)和 KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)是两个经典的注释数据库。它们使用的富集算法基于超几何分布
GO,KEGG,shiny优势主要是能动态的改变富集分析图的一些值,物种更多,能动态预览图片,文件,使用者可能会对GO,KEGG有更深的认识。 后续,因为没有对所有的情况一一验证,所以可能有很多bug,我会注意修改,然后准备添加GSEA富集分析的模块,增加更多的图的类型,并且使每一个图能改变的参数更多等等。
目录 介绍 计算原理 实际操作过程 加载相关包 读取文件 格式转化 GO富集分析 KEGG分析 保存相关结果 介绍 在DEseq2的基础上,进行GO分析和KEGG分析 在安装的时候出现一些警告,如果使用不同版本的时候需要注意。本次运行的时候并没有出现明显错误。 计算原理 计算需要接下来补充。 实际操作过程 加载相关包 读取文件 注...