并行计算 如果安装了MPI,可以使用多核并行计算,这样能极大加快速度,减少等待时间。只需在串行计算的命令基础上加上mpirun -np N(N为核数)以及MPI即可: mpirun -np 2 gmx_MMPBSA MPI -O -i mmpbsa.in -cs md.tpr -cpcomplex.top ...
但是我按照gmx_MMPBSA官网上面给的并行命令去执行任务（mpirun -np 8 gmx_MMPBSA MPI -O -i mm...
2. Parallel：gmx_MMPBSA由于仅MMPBSA.py用于MPI执行计算，其余过程（即Amber 拓扑的生成/转换、突变、...
参考https://valdes-tresanco-ms.github.io/gmx_MMPBSA/dev/installation/ mpi4py和cupy的联合应用(anaconda环境):GPU-aware MPI + Python GPU arrays - Angry_Panda - 博客园 (cnblogs.com) 💬 Create a new environment and activate it conda create -n gmxA python=3.10 -y -q conda activate gmxA ...
# mmpbsa.in输入文件的创建见下文 mpirun -np 2 gmx_MMPBSA MPI -O -i mmpbsa.in -cs md.tpr -ci index.ndx -cg 1 13 -ct md.xtc -cp topol.top or gmx_MMPBSA -O -i mmpbsa.in -cs md.tpr -ci index.ndx -cg 1 13 -ct md.xtc -cp topol.top Input Samples # GB &general start...
[INFO ] Starting gmx_MMPBSA v1.5.0.2 [INFO ] Command-line mpirun -np 10 gmx_MMPBSA MPI -O -i mmpbsa1.in -cs md_2020.tpr -ci md.ndx -cg 17 18 -ct md_C2.xtc -cp complex.top [INFO ] Checking external programs... [INFO ] cpptraj found!Using /home/jq/anaconda3/envs/gmxM...
[INFO ] Starting gmx_MMPBSA v1.6.2+32.g2fdf1bc [INFO ] Command-line mpirun -np 120 gmx_MMPBSA MPI -i mmpbsa.in -cs md.tpr -ci index_mmpbsa_adjusted.ndx -cg 28 29 -ct md_mmpbsa.xtc -cp topol.top -nogui [INFO ] Checking mmpbsa.in input file... [INFO ] Checking mmpbs...
name:channels:-conda-forge-bioconda-defaultsdependencies:-python=3.9-ambertools=21.12-mpi4py=3.1.3-compilers-gromacs==2021.3-pip-pip:-pyqt5==5.15.6-gmx-mmpbsa-pandas>=1.2.2-seaborn>=0.11.2-scipy>=1.6.1-matplotlib>=3.5.1-h5py==3.7.0 ...
Fault这种错误是最难解决的了。你可以重新跑一遍然后监控一下计算的内存，我怀疑是内存超了。你这个mpi...
输入的指令是mpirun -np 64 gmx_MMPBSA MPI -O -i mmpbsa.in -cs mdo1.tpr -ci index.ndx -...