我想用gmx select 在index里建立一个group 这个group包括Z>80的所有水分子 我输入gmx select -s md....
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此处的'name C1 C5 permute 1 2'意为从名为C1的原子指向名为C5原子的向量,1 2表明向量的方向从第一组指向第二组。有关Select详细的语法和使用实例在李老师的博文中有详细的介绍,感兴趣的可以访问这里GROMACS选区(selection)语法及用法。 若是没有明智地提前将原子名称区分好,或是即使用Select语法也无法选定特定...
} gmx_fio_select(fp);if(!do_eheader(fp,&file_version,fr,FALSE,&bOK)) {if(bRead) {fprintf(stderr,"\rLast energy frame read %d time %8.3f ", framenr-1,frametime);if(!bOK) {fprintf(stderr,"\nWARNING: Incomplete energy frame: nr %d time %8.3f\n", framenr,fr->t); } }els...
}if(bIndex) {printf("\nSelect an index group of %d elements that corresponds to the eigenvectors\n",natoms); get_index(atoms,indexfile,1,&i,&index,&grpname);if(i!=natoms) gmx_fatal(FARGS,"you selected a group with %d elements instead of %d",i,natoms);printf("\n"); ...
Select a group: 22 Selected 22: 'Protein_MOL'Select group for output:Group 0 ( System) ...
我想用gmx select 在index里建立一个group 这个group包括Z>80的所有水分子 我输入gmx select -s md....
ePBC = read_tpx_top(ftp2fn(efTPR, NFILE, fnm),nullptr, box, &natoms,nullptr,nullptr, top);fprintf(stderr,"Select a group of polymer mainchain atoms:\n"); get_index(&top->atoms, ftp2fn_null(efNDX, NFILE, fnm),1, &isize, &index, &grpname); ...
就根据坐标范围选择呀，可以仔细看一看gmx select用法