rdf计算没质权的事，就是直接平均 (atom)代表对一个个原子为对象进行计算，而不是以比如分子质心为对象...
可以加大rdf计算的格点间隔，把上限取小一些，耗时能低得多 好的，谢谢卢老师，我把上限设为1nm，确实...
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gmxrotmat- 计算叠合到参考结构的旋转矩阵 gmxsans- 计算小角中子散射谱 gmxsaxs- 计算小角 X 射线散射谱 gmxtraj- 输出轨迹文件中的坐标 x, 速度 v, 力 f, 盒子, 温度和转动能gmxvanhove- 计算 VanHove 位移及相关函数 2.7 动力学性质 gmxbar- 利用 Bennett 接受比率方法计算自由能差的估计值gmxcurrent-...
gromacs命令测试4-gmx rdf径向分布函数 关于大家对理论基础的不感兴趣 以及只想关心软件操作命令 那么后期有时间会将软件操作命令陆续测试发出 如有愿意也可一同参加 整理内容看参与者心情 希望大家帮忙转发及分享 后续该资料加微信并转发领取 资料都是免费的
2）利用gmx rdf 命令，40个分子B组成的团簇，如果计算其B分子上的某个原子C相对于团簇质心的rdf如何弄...
没具体信息不好说。VMD里你用了动态选区，而gmx rdf你用的是静态选区，考虑这个是否真的能对应上 并且...
gmxprincipal- 计算一组原子的惯性主轴 gmxrdf- 计算径向分布函数 gmxsaltbr- 计算盐桥 gmxsorient- 分析溶质周围的溶剂取向 gmxspol- 分析溶质周围溶剂的偶极取向及极化 2.5. 结构中的距离随时间的变化 gmxmindist- 计算两组间的最小距离 gmxmdmat- 计算残基接触映射图 ...
3.2 计算rdf, 使用 gmx rdf -s init.gro -f dump.xtc -n system.ndx -rmax 1 复制代码 根据...
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