仅 ...没有npmpi，那是ntmpi 如果是基于MPI并行的，修改mpirun -np对应的并行进程数 ...
具体是在执行mpirun -np 48 /opt/software/gromacs-23.3/bin/gmx_mpi mdrun -s eql2 -deffnm ...
并行计算 如果安装了MPI,可以使用多核并行计算,这样能极大加快速度,减少等待时间。只需在串行计算的命令基础上加上mpirun -np N(N为核数)以及MPI即可: mpirun -np 2 gmx_MMPBSA MPI -O -i mmpbsa.in -cs md.tpr -cpcomplex.top ...
# mmpbsa.in输入文件的创建见下文 mpirun -np 2 gmx_MMPBSA MPI -O -i mmpbsa.in -cs md.tpr -ci index.ndx -cg 1 13 -ct md.xtc -cp topol.top or gmx_MMPBSA -O -i mmpbsa.in -cs md.tpr -ci index.ndx -cg 1 13 -ct md.xtc -cp topol.top Input Samples # GB &general start...
mpirun -np 2 gmx_MMPBSA MPI -O -i mmpbsa.in -cs md_50.tpr -ci index_0615.ndx -cg 20 19 -ct mono28_0614.xtc -cp mono28_0615.top -o FINAL_RESULTS_MMPBSA.dat -eo FINAL_RESULTS_MMPBSA.csv 结果分析 具体的解析参考官网outfiles部分的说明。
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mpirun -np 10 gmx_MMPBSA MPI -O -i mmpbsa1.in -cs md_2020.tpr -ci md.ndx -cg 17 18 -ct md.xtc -cp complex.top However, it gives me the following error MMPBSA_Error: /share/apps/gpu_gromacs/bin/gmx trjconv failed when querying md_C2.xtc ...
Step 2. 通过文件传输上传相关输入文件,详情请查看Linux数据传输; Step 3. 在该文件夹下创建如下执行脚本gmx_MMPBSA.sh: #!/bin/bash moduleaddAnaconda3#加载Anaconda3软件 sourceactivate gmxMMPBSA#激活gmxMMPBSA环境 mpirun -np96-v -mca btl_tcp_if_include eth0 gmx_MMPBSA MPI -O -i mmpbsa.in ...
And then, run my simulation via gmx mdrun. Here is my command: gmx mdrun-v-deffnmProdutcion-sProduction.tpr-ntomp12-pinon-ntmpi1-updategpu-bondedgpu An "Assertion failed" error occurs. :-)GROMACS - gmx mdrun, 2023.1(-:Executable: /home/yangzichen/Software/GMX-2023.1/bin/gmxData prefix...
22、160; http:/www3.mpibpc.mpg.de/groups/grubmueller/start/compbio/p2/科研笔记3:Gromacs对于MD的问题综述问题1:在npt系综运算完后,一定要进行密度的rescaling。在进行气体扩散的初始构型搭建过程中,最容易被人忽略的一点就是当npt系综将体系进行平衡之后,我们就容易拿出最后一帧的数据来进行运算,实际上这样并...