gmx_MMPBSA是一种基于AMBER的MMPBSA.py开发的新工具,旨在使用GROMACS文件执行端态自由能计算,它与所有GROMACS版本以及AmberTools20或21一起使用,与现有程序相比,它在兼容性、多功能性、分析和并行化方面都有改进,gmx_MMPBSA支持多种不同的系统,包括但不限于:蛋白质、蛋白质配体、蛋白质DNA、金属蛋白肽、蛋白聚糖、...
gmx_MMPBSA是基于AMBER MMPBSA.py用于计算终态自由能(gmx格式文件)的工具 只翻译部分内容,具体可参考官方文档殷赋科技:【分子动力学教程】结合自由能计算(MM/PB(GB)SA)https://valdes-tresanco-ms.github.io/g…
激活gmxMMPBSA环境 conda activate gmxMMPBSA 在conda的gmxMMPBSA环境下计算MMPBSA,这一步计算需要耗费较长时间。 mpirun -np 2 gmx_MMPBSA MPI -O -i mmpbsa.in -cs md_50.tpr -ci index_0615.ndx -cg 20 19 -ct mono28_0614.xtc -cp mono28_0615.top -o FINAL_RESULTS_MMPBSA.dat -eo FINAL...
程序有多种安装方式，包括conda环境和Ambertools编译。使用conda环境或Ambertools安装后，可通过gmx_MMPBSA --create_input [gb|pb|rism|ala|decomp|nmode|all]命令生成预设的输入文件。输入文件格式与AMBER输入文件类似，由不同的section组成。详细内容可参考官方文档。程序在Zhihu On VSCode上创作并发布。
conda install -c conda-forge gmx_mmpbsa -y 文件准备 在使用gmx_MMPBSA程序进行MM/PBSA结合自由能计算之前,需要准备好以下文件: 本文假定这些文件放在同一个目录里。 经过长时间的动力学模拟,体系很容易出现由PBC引起的问题,包括:跨周期漂...
gmx_mmpbsa用于计算GROMACS轨迹的MMPBSA结合能, 并进行能量分解. 计算时, MM部分由脚本自行完成, PBSA部分借助APBS程序完成. 因此, 在使用gmx_mmpbsa前, 必需安装好GROMACS和APBS程序. 如果你已经需要使用这个脚本了, 那说明你已经得到了GROMACS的轨迹, GROMACS自然是已经安装好了的. 而APBS的安装也很简单, 官方网...
2.从gmxMMPBSA官网下载env.yml，在终端输入conda env create -n gmxMMPBSA --file env.yml 运行完成...
1.conda activate gmxMMPBSA 2.从官网下载env.yml文件执行，conda env create -n gmxMMPBSA --file ...
gmx_mmpbsa是GROMACS软件套件中的一个模块,其全称为Molecular Mechanics/Poisson Boltzmann Surface Area。它的原理是基于分子力学力场和泊松-玻尔兹曼表面积模型,通过计算蛋白质与小分子之间的相互作用能和溶剂化自由能,来预测它们的结合自由能。在这一过程中,需要对分子动力学模拟的轨迹进行多个步骤的处理,包括提取坐标、...
gmx_mmpbsa使用前需安装GRMOMACS与APBS,脚本会自动调用这两个程序进行计算。Ubuntu环境下APBS可以使用sudo apt install apbs直接进行安装。在修改脚本内的变量内容时,如果GROMACS与APBS都已添加进了环境变量,则可简写为:gmx='gmx'以及apbs='apbs'。 脚本运行过程中如果出现某些awk函数未定义的错误,那么还需要安装一下...