gmxhbond-f-s-numhydrogen-bonds-strand.xvg-nmy_index.ndx 注意, 你必须根据自己的多肽替换上面命令中的数字. 根据氢键分析, 你的多肽在模拟过程中是否形成类似β发卡的构象? 2. 二级结构 判定蛋白结构的最常用参数是指定二级结构元素, 如α螺旋, β片层. 能提供这一信息的一个程序是dssp, 但前提是你的电脑...
gmxgenion - 在能量有利位置加入单原子离子 gmxgenrestr- 生成索引组的位置限制或距离限制 gmxpdb2gmx- 将 PDB 坐标文件转换为拓扑文件和力场兼容的坐标文件 1.2 文件转换 gmxeditconf- 转换和操控结构文件 gmxeneconv - 转换能量文件 gmxsigeps- 将 C6/12 或 C6/Cn 组合转换为 sigma/epsilon 组合, 或反过来 ...
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