比如说我现在有1000个水的盒子，跑完之后用energy抽出potential，单位是KJ/mol，这是否意味着给出的结果...
第五步:进行能量最小化(Energy Minimization)。在网上搜索,下载一个em.mdp文件,见图5所示。这里从JustinLemkul的个人教程中下载。下载地址为: http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin/gmx-tutorials/lysozyme/Files/ions.这时候em.mdp(参数文件)、CO2-spce.gro(坐标文件)以及topol_spce.top(...
指令是:g_energy -f em.edr -o potential.xvg根据屏幕提示然后选择,可以画出势能曲线。 & 17、#160; 图7:能量最小化势能曲线第七步:进行NPT平衡模拟(Equilibration)。和第五步一样,我们同时也需要npt.mdp(参数文件)、em.gro(坐标文件)以及topol-spce.top(拓扑文件)。最后两个已 18、经有了,我们还是需要...
Search code, repositories, users, issues, pull requests... Provide feedback We read every piece of feedback, and take your input very seriously. Include my email address so I can be contacted Cancel Submit feedback Saved searches Use saved searches to filter your results more quickly Ca...
1: The total non-polar solvation free energy is modeled as a single term linearly proportional to the solvent accessible surface area. If inp = 1, use_sav must be equal to 0.2: The total non-polar solvation free energy is modeled as two terms: the cavity term and the dispersion term....
at the same DFT level to verify the nature of the located structures in the potential energy ...
pythonxpm2txt.py-ffree-energy-landscape.xpm-ofree-energy-landscape.txt 下载Mahmatica脚本, 然后打开, 遵照其中说明, 更改开头的文件路径. 如果一切正常, 你可以看到类似下面的图像 查看FEL并找到其最小点(谷)的位置. 选择你认为具有代表性的一些最小点(5). 你可以通过在2D等值线图上右键点击, 选择Get Coo...
模拟过程中的能量信息被保存在不可读的(二进制)文件中, 其扩展名为.edr. 该文件中的信息可用gmx energy命令提取. 绘制体系的温度, 势能, 动能和总能量随时间变化的图. gmxenergy-fprotein-NVT-PR1000.edr-othermodynamics-NVT-PR1000.xvg 运行上面的命令后, 会提示你一系列能量项以供选择, 所选能量项的结果...
文本.pdb的坐标单位是angstrom, 而文本.gro的坐标默认单位是nm,千万牢记! 第二步:创建CO 2 的力场。其实这部分是初学者最需要学习的。我喜欢建立一个CO2.itp,这样的好处 是:清爽简洁。我选择OPLS-AA力场作为主要力场。由于我们最终的.top文件里面需要#include“forcefield.itp”, 而forcefield.itp里面又有#...
成功结束后,总能量输出在energy.dat文件中,使用文本编辑器打开即可见到下图所示内容。其中ΔTOTAL是我们需要的结合自由能,其他以Δ开头的是各个能量项。 能量单位是kcal/mol,温度是 298.15 K。 SD和SEM分别为标准偏差和平均值标准误差,SD(Prop...