实在没办法可以尝试一下换个gmx的版本。gmx官网的更新公告上提到过对do_dssp进行过几次修复和调整 ...
在Centos8上 使用gmx do_dssp功能 **这个方法很容易出现错误,博主建议跳到最后看conda安装方法 1. 安装boost库 boost.org/users/history 网站下载boost压缩包 tar zxvf boost_xx_xx cd boost_xx sudo ./bootstrap.sh --with-libraries=all --with-toolset=gcc --with-libraries指定编译哪些boost库,all的...
老师 ，我用win版的gromac分析蛋白质的二级结构，执行gmx do_dssp -f md_noPBC.xtc -s md.tpr -...
do_dssp可以统计属于某二级结构类型的残基数目，“-sss”参数用于选择二级结构类型，“-sc“参数则把统计结果输出到scount.xvg文件中（其实这个文件包含了所有不同二级结构氨基酸残基数目，可以用xmgrace的“-nxy”参数打开）。 本程序还可以计算每一个残基的溶液可及化面积(SolventAccesibleSurface,SAS)，以绝对平方...
1. 建模和计算操作命令: 1.1. 创建拓扑与坐标文件 gmxeditconf- 编辑模拟盒子以及写入子组(subgroups) gmxprotonate- 结构质子化 gmxx2top- 根据坐标生成原始拓扑文件 gmxsolvate - 体系溶剂化 gmxinsert-molecules- 将分子插入已有空位 gmxgenconf- 增加”随机”取向的构象 ...
实在没办法可以尝试一下换个gmx的版本。gmx官网的更新公告上提到过对do_dssp进行过几次修复和调整 ...