The number of positions to be merged are not compatible 同样的命令在另一个体系的文件夹中却可以...
计算两组多个原子对之间的距离以及它们各自的平均距离。 pymol或者写脚本都可以,但是gmx计算非常快。 先在index.ndx 中加入如下格式的原子序号配对信息: [ dist1 ]2 403 414 4232 9833 99[ dist2 ]36 2837 2938 30 gmx distance -s new.pdb -f md_pbcfit_all_new.xtc -n index.ndx -oav -oall...
2）利用gmx rdf 命令，40个分子B组成的团簇，如果计算其B分子上的某个原子C相对于团簇质心的rdf如何弄...
建议参加我们4月在广州举办的GROMACS培训班系统学习一下：http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=...
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gmx sasa computes solvent accessible surface areas. See Eisenhaber F, Lijnzaad P, Argos P, Sander C, & Scharf M (1995) J. Comput. Chem.
I am trying to do a simulation with distance restraints for the Zn-His(NE2)atoms in a peptide, but the distances are not kept to what I want them to be. Why? I have added this in my topology.top: ; Include Position restraint file ...
gmx cluster [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]] [-dm [<.xpm>]] [-om [<.xpm>]] [-o [<.xpm>]] [-g [<.log>]] [-dist [<.xvg>]] [-ev [<.xvg>]] [-conv [<.xvg>]] [-sz [<.xvg>]] [-tr [<.xpm>]] [-ntr [<.xvg>]...
模拟实际运行了多少时间(小时), 模拟速度为多少(ns/day)? 要模拟1 s需要多少年? 势能的哪部分贡献消耗量大部分计算时间? 2. 结果可视化 现在是有趣的部分, 尽管多数分析都归结为从轨迹文件中提取图像, MD当然最重要是的体系的运动. 我们要看看轨迹. ...
maintainer media .travis.yml CMakeLists.txt COPYING DISCLAIMER HOWTO IntrinsicProfilesNutshell.md README.md TUTORIAL.md gmx_dump_vir.cpp gmx_itim.cpp Latest commit Marcello-Sega ... Jul 29, 2016 17c174c·Jul 29, 2016Jul 29, 2016