gmxcovar-s../topol.tpr-f../traj.xtc-oeigenvalues.xvg-veigenvectors.trr-xpmacovar.xpm ascii covariances.dat 对PCA, 我们主要关心蛋白质骨架上的原子, 因此提示时选择backbone组. 构建和对角化协方差矩阵可能需要一些时间. 协方差矩阵的维数多少? 特征值的总和多少? 现在, 看看covar.xpm文件中的协方差矩阵....
gmx covar 骨架 更新时间:2024年10月19日 综合排序 人气排序 价格 - 确定 所有地区 实力供应商 已核验企业 在线交易 安心购 查看详情 ¥26.00/公斤 天津 美国杜邦PET 815ER BK503阻燃V0 通用级别热稳定性线圈骨架 在线交易 24小时发货 少货必赔 破损包赔 广州溪川塑胶原料有限公司 2年 查看详情 ¥40.55/...
我在用gmx_covar计算本征向量和本征值 但输出的eigenvalues.xvg中 X轴坐标单位是Eigenvector index Y轴...
1.1. 创建拓扑与坐标文件 gmxeditconf- 编辑模拟盒子以及写入子组(subgroups) gmxprotonate- 结构质子化 gmxx2top- 根据坐标生成原始拓扑文件 gmxsolvate - 体系溶剂化 gmxinsert-molecules- 将分子插入已有空位 gmxgenconf- 增加”随机”取向的构象 gmxgenion - 在能量有利位置加入单原子离子 gmxgenrestr- 生成索引...
浅谈PCA与g_covar+g_anaeig+ddtdp+sigmaplot做自由能面图的方法-http://sobereva.com/73 ...
gmx anaeig analyzes eigenvectors. The eigenvectors can be of a covariance matrix (gmx covar) or of a Normal Modes analysis (gmx nmeig).
gmx_rmpbc(gpbc,atoms->nr,topbox,xtop);/* Fitting is only required for the projection */if(bProj && bFit1) {if(xref1 ==NULL) {printf("\nNote: the structure in %s should be the same\n"" as the one used for the fit in g_covar\n",topfile); ...
gmxcovar-s../topol.tpr-f../traj.xtc-oeigenvalues.xvg-veigenvectors.trr-xpmacovar.xpm ascii covariances.dat 对PCA, 我们主要关心蛋白质骨架上的原子, 因此提示时选择backbone组. 构建和对角化协方差矩阵可能需要一些时间. 协方差矩阵的维数多少? 特征值的总和多少?
参考下文中散点数据到概率密度的转化 浅谈PCA与g_covar+g_anaeig+ddtdp+sigmaplot做自由能面图的方法...
1. 建模和计算操作命令: 1.1. 创建拓扑与坐标文件 gmxeditconf- 编辑模拟盒子以及写入子组(subgroups) gmxprotonate- 结构质子化 gmxx2top- 根据坐标生成原始拓扑文件 gmxsolvate - 体系溶剂化 gmxinsert-molecules- 将分子插入已有空位 gmxgenconf- 增加”随机”取向的构象 ...