-g [<.log>] (cluster.log) //默认输出,包含所有输出信息,其中124次transition是指所有transition次数加起来除以2;cl.(cluster 1) | #st(structure number) rmsd(cluster中的rmsd,应该小于设置的cutoff,但是最后的group似乎不符合要求) | middle(代表帧的时间) rmsd(其对应rmsd) | cluster members(每个structure...
1、我的想法是:需要根据gmx cluster归簇,设定归为一簇的判定标准(比如cut<0.5nm),再用gmx ...
6. 聚类分析 基于结构间的距离RMSD, 可以将结构归并为反映构象可及性范围及其相对权重的一组组团簇. 这可以通过聚类算法来完成, cluster命令实现了一些聚类算法. 这一程序会生成好几个输出文件. 检查该程序的帮助文档, 了解每一个它们的含义, 然后运行程序. 注意, 我们已经计算了RMSD矩阵, 可以将它作为cluster的输...
gmx cluster [-f[<.xtc/.trr/...>]] [-s[<.tpr/.gro/...>]] [-n[<.ndx>]] [-dm[<.xpm>]] [-om[<.xpm>]] [-o[<.xpm>]] [-g[<.log>]] [-dist[<.xvg>]] [-ev[<.xvg>]] [-conv[<.xvg>]] [-sz[<.xvg>]] [-tr[<.xpm>]] [-ntr[<.xvg>]] [-clid[<.xvg>...
(2)gmx cluster聚类是以同一个group消除平移旋转和算RMSD,是否意味着不适合提取小分子的代表性pose呢...
gmxcluster- 对结构进行团簇分析 gmxconfrms- 叠合两个结构并计算 RMSD gmxrms- 计算与参考结构之间的 RMSD 及其矩阵 gmxrmsf- 计算平均结构, 原子涨落, 温度因子 2.4. 结构性质 gmxanadock- 根据 Autodock 运行计算团簇结构 gmxbundle- 分析轴束, 例如螺旋 ...
* cluster clusters all the atoms in the selected index such that they are all closest to the center of mass of the cluster, which is iteratively updated. Note that this will only give meaningful results if you in fact have a cluster. Luckily that can be checked afterwards using a trajector...
mysql-cluster的简单配置,也没有想象中的那么高端复杂,通过一些大神的帖子指点,我也有所尝试,现将配置步骤记录如下,仅供入门学习参考。 一、系统环境:Linux Debian 8.1; mysql-cluster 版本:mysql-cluster-gpl-7.4.20-linux-glibc2.12-x86_64.tar.gz。
(cluster.ndx) (Optional) Index file -drop [<.xvg>] (drop.xvg) (Optional) xvgr/xmgr file Options to specify output files: -o [<.xtc/.trr/...>] (trajout.xtc) Trajectory: xtc trr gro g96 pdb tng Other options: -b (0) Time of first frame to read from trajectory (default ...
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