homology策略预测基因结构,下载了公共mRNA/CDS序列,考虑用gmap比对。本来是个很简单的脚本,但总是不那么顺利。 无论是用conda安装,还是源码安装较新版本,都存在问题。 gmap_build -D ./ -d reference reference.fa gmap -t 10 -D ./ -d reference -f gff3_gene cds.fa > cds_gene.gff3 1. 2. 第一...
【基因组注释】GMAP安装使用问题 homology策略预测基因结构,下载了公共mRNA/CDS序列,考虑用gmap比对。本来是个很简单的脚本,但总是不那么顺利。 无论是用conda安装,还是源码安装较新版本,都存在问题。 gmap_build-D./-dreference reference.fa gmap-t10-D./-dreference-fgff3_gene cds.fa > cds_gene.gff3 ...
【基因组注释】GMAP安装使用问题 homology策略预测基因结构,下载了公共mRNA/CDS序列,考虑用gmap比对。本来是个很简单的脚本,但总是不那么顺利。 无论是用conda安装,还是源码安装较新版本,都存在问题。 gmap_build -D ./ -d reference reference.fa gmap -t 10 -D ./ -d reference -f gff3_gene cds.fa >...
gmap_build -D ./genome -d genome_reference Chr1.fa Chr2.fa Chr3.fa ... 注: 这里的-d表示数据K库的名字,默认把索引存放在gmap安装路径下的share里,可以用-D更改.此外还有一个参数-k用于设置K-mer的长度, 默认是15, 理论上只有大于4GB基因组才会有两条一摸一样的15bp序列(当然是完全随机情况下)。
./configure--prefix=/usr/local/GMAP--build=arm-linux 3)编译和安装。 make-j4&&make install 4)配置GMAP环境。 a.在文件“etc/profill”末尾添加如下内容。 export PATH=$PATH:/usr/local/GMAP/bin b.按“Esc”,并且输入“wq!”保存退出。 c.输入如下命令,使环境变量生效。 3.运行和验证 查看GMAP版本...
gmap_build -D path -d dbname draft.genome.fasta 参数说明: -D 创建索引的存放路径(默认存放在安装路径下的share文件夹); -d 创建索引的名字;。 3.GMAP生成gff3文件 map -D path -d dbname -t 12 -f 2 -n $N reference.cds.fasta > gmap.gff3 ...
gmap_build -D ./ -d my_hg19.fa 然后取ensemble下载hg19的gtf文件。 然后还需要把自己下载的gtf文件也构建索引,需要两个步骤 cat my_hg19.gtf | ~/software/gmap-2011-10-16/util/gtf_splicesites >my_hg19.splicesites cat my_hg19.splicesites| iit_store -omy_hg19.gtf.index ...
gmap_2024-11-20+ds-1_sh4.buildinfo5.7 KB2024-12-01 08:03 gmap_2024-11-20+ds-1_sh4.deb5.6 MB2024-12-01 08:03 域名使用规则 公网访问地址:https://mirrors.aliyun.com/ ECS VPC网络访问地址:http://mirrors.cloud.aliyuncs.com/
gmap_build -D path -d dbname draft.genome.fasta 参数说明: -D 创建索引的存放路径(默认存放在安装路径下的share文件夹); -d 创建索引的名字; 3. GMAP生成gff3文件 gmap -D path -d dbname -t 12 -f 2 -n $N reference.cds.fasta > gmap.gff3 ...
build + Jan 4, 2024 cmd 支持udp Jan 8, 2024 extproject + release Dec 5, 2023 gmap 更新udp支持内容,修复bug Jan 8, 2024 images + Jan 6, 2024 .gitignore :) Dec 23, 2023 LICENSE Initial commit Dec 4, 2023 README.md + Jan 6, 2024 go.mod nuclei scan Dec 21, 2023 Repository file...