韦恩图(Venn diagram)是一种能直观展示不同数据集之间的集合关系的图,常见的集合运算主要包括:交集(intersection),并集(union)和补集(complement)。在R语言中,有很多R包可以实现韦恩图的绘制,米老鼠在这里推荐“ggvenn”和“ggVennDiagram”这两个R包,它们都是基于ggplot2的绘图系统,和其它ggplot2绘制的图兼容性好,...
R语言绘图包04--GOplot:富集分析结果可视化 韦恩图可以用来展示各个数据集之间的重叠关系 绘制韦恩图的方法很多,在这里介绍两种 1. ggvenn绘制韦恩图 2. 使用VennDiagram函数包中的venn.diagram函数绘制韦恩图 1. ggvenn 这个包支持列表或数据框的数据作为输入 install.packages("devtools")devtools::install_github("...
韦恩图,Venn diagram,常用图的一种,用来展示集合之间的特异性和共同性。现在有很多在线的网站都可以绘制,但是R来画也方便,其中ggvenn是基于ggplot2的专门绘制韦恩图的R包。 官方网站: https://github.com/yanlinlin82/ggvenn 1.安装 ggvenn在CRAN上,直接用Install.packages就可以完成安装: >install.packages("ggvenn...
今天小编给大家介绍的R包是ggVennDiagram,一个专注于韦恩图绘制的工具,作者在在对其不断的进行版本完善,接下来就让我们看看如何使用吧! R包安装 代码语言:javascript 复制 BiocManager::install("ggVennDiagram")library(ggVennDiagram)library(ggplot2) 可视化介绍 01 基本用法 示例数据: 代码语言:javascript 复制 genes...
●本文发布了ggVennDiagram新版本,该版本可绘制包含多达7个集合的子集区域填充Venn图,原生支持具有无限数目集合的Upset图,提供了R包、Shiny应用程序和TBtools插件等3种不同的应用方式。 ●第一作者:高春辉 ●合作作者:陈程杰,Turgut Akyol,Adrian Dusa,余光创,曹彬 ...
#安装加载需要的R包 options(stringsAsFactors = F) library(pacman) p_load(ggvenn, ggVennDiagram, UpSetR,data.table, stringr) # 安装相应的包 读取数据 list1 = read.table("diff_DESeq2_DEG.txt",header=T,sep="\t", stringsAsFactors=FALSE,check.names=F) ...
去年,我在分析 RNA-seq 数据的时候,有做 Venn 图展示结果的需要。当时,在 R 语言环境下试用了VennDiagram和gplots两个包,但是都没有达到我想要的效果。于是便有了一个想法,开发一个更好用的画 Venn 图的 R 包。 花了一些时间看了上述两个包的源代码,发现VennDiagram的功能是挺完善的,但就是用起来很难配置...
在R平台上,Upset图的绘制现在由UpsetR包支持。然而,考虑到二者的应用场景十分一致,我们认为将Upset方法与Venn图结合起来,向用户提供统一的方法会更好。因此,我们在ggVennDiagram中支持Upset图的绘制。Upset图的实现方法依赖于南方医科大学余光创教授开发的aplot包,该包主要功能是让多个子图之间的坐标轴自动对齐。因此,...
R语言ggvenn如何按照比例显示 r语言legend过大 1. 示例 clusterProfiler包用于富集分析和可视化是非常好用的,语法简洁而统一。 但是使用clusterProfiler包进行富集分析并绘图有时会遇到一个情况:一个富集分析的Terms的长度太长,会导致图片的轴标题或者legend很长,就会压缩了主绘图区域的显示。
要在R语言中提取多个文件的共有元素和各自特有元素,并使用ggvenn包绘制韦恩图,可以按照以下步骤进行操作:确保你已经安装了R语言和所需的包(如dplyr和ggvenn)。如果还没有安装,可以使用以下命令安装:install.packages("dplyr")install.packages("ggvenn")将多个文件读入R中,并将它们存储为独立的数据框(或其他...