ggtree:一款强大的R语言绘制生物进化树工具 在生物信息学和进化生物学领域,树状图(phylogenetic trees)是用来表示物种之间进化关系的重要工具。ggtree是一个基于ggplot2的R包,专门用于可视化进化树,支持多种树状图的格式,如Newick、Nexus、PhyloXML等,它不仅能绘制基础的进化树,还能结合数据在树上进行注释和高级自定义,是...
传统的系统发育树代表了一种进化史的模型,该树由树节点之间的祖先后代关系和处于不同相关程度的“sister”或“cousin”的聚类描绘而成。 ggtree是一个功能强大的系统发育树可视化及注释R语言软件包,在Bioconductor中发布,是ggplot2的扩展包。ggtree可以读取多种数据格式的系统发育树,并对其进行注释分析。 ggtree的安装 ...
levels = p1$data %>% na.omit() %>% arrange(y) %>% pull(label)) ggplot(data=dat02,aes(x=log2foldchange,y=tiplabel))+ geom_point(aes(size=`Mean relative abundance`, fill=groupinfo), shape=21)+ geom_vline(xintercept = 0,lty="dashed",color="grey")+ facet_wrap(~species,nrow ...
直接从图形中提取数据这一点适合任何ggplot对象。这里我们过滤一下,只用叶节点的数据来进一步美化 #-提取可视化进化树中的数据#--- df <- p$data # 去掉枝节点 df <- df[df$isTip, ] head(df) # df$label 合并OTU的平均丰度到数据中,使用ggplot图层注释到进化树上 #---为了更好的注释叶节点我需要构建...
ggplot(data=dat02,aes(x=log2foldchange,y=tiplabel))+ geom_point(aes(size=`Mean relative abundance`, fill=groupinfo), shape=21)+ geom_vline(xintercept = 0,lty="dashed",color="grey")+ facet_wrap(~species,nrow = 1, scales = 'free')+ ...
library(ggplot2) library(ggtreeExtra) 代码解析 首先读取并处理数据: #读取树文件 tree<-read.tree("trans-IQ.contree") #读取不同时期表达量的矩阵文件,并标准化 tpm<-read.csv("TPMmatrix.CSV",header = T,row.names = 1) tpm<-log2(tpm+1) ...
ggtree是ggplot2程序包的扩展 (/),能够像ggplot2一样,用图层化的语法绘制进化树。这与APE用参数控制绘图明显不同。与ggplot2一样,在ggtree中,通过不同的图层组合即可绘制出更为复杂的图形。 该程序包在正式发布之前就受到CRAN Task Views:Phylogenetics 的作者Brian O'Meara 的关注。ggtree发布在Bioconductor之后,更...
按照ggplot搭积木的逻辑,我们看看有哪些需要画的: 树的主体,圆形布局,并打开一个小角度,方便展示注释信息的x轴label 外圈注释1,热图形式(tile),颜色代表每一个tip的Phylum,透明度代表相对丰度 外圈注释2,柱形图形式(col或bar),颜色代表每一个tip的Phylum,高度代表SVM系数 ...
(label))ggplot(data=dat02,aes(x=log2foldchange,y=tiplabel))+geom_point(aes(size=`Mean relative abundance`,fill=groupinfo),shape=21)+geom_vline(xintercept=0,lty="dashed",color="grey")+facet_wrap(~species,nrow=1,scales='free')+scale_fill_manual(values=c('group1'='#df237b','...
ggplot(data=dat02,aes(x=log2foldchange,y=tiplabel))+ geom_point(aes(size=`Mean relative abundance`, fill=groupinfo), shape=21)+ geom_vline(xintercept = 0,lty="dashed",color="grey")+ facet_wrap(~species,nrow = 1, scales = 'free')+ ...