于是我查了一些资料,这个图叫split violin或者half violin,本质上是一种小提琴图。参考代码在https://gist.github.com/Karel-Kroeze/746685f5613e01ba820a31e57f87ec87 这里利用上期处理好的TCGA HNSCC的配对数据进行练习,数据包含43个肿瘤样本和43个癌旁样本。 除了基因表达量绘制的结果展示,最后还附带一个ESTIMATE...
ggplot(df,aes(cut,x,fill=cut))+ geom_flat_violin()+ theme(legend.position="none") 输出: 示例2:水平半小提琴情节 让我们看看使用 coord_flip() 函数水平对齐半小提琴图。 R实现 # Horizontal half violin plot ggplot(df,aes(cut,x,fill=cut))+ geom_flat_violin()+coord_flip()+ theme(legend....
levels = variable) #排好序 ggplot(df)+ geom_half_violin(aes(as.numeric(factor(Species,levels = my_sort))+0.1, value,fill=factor(Species,levels = my_sort)), side = 'r',cex=0.8)+ #右侧半边显示 geom_boxplot(aes(as.numeric(factor(Species,levels = my_sort))+0.1, value,fill=factor...
方法2 gghalves library(gghalves)ggplot(iris,aes(x=Species,y=Sepal.Width))+geom_half_point()+geom_point()head(my_data)ggplot()+geom_half_violin(data=my_data%>%filter(x=="a"& m=="i"),aes(x=x,y=y,fill=m),side="l")+geom_half_violin(data=my_data%>%filter(x=="a"& m=="j...
ggplot(data=df,aes(x=groups,y=value,fill=type))+geom_violin()+geom_boxplot() image.png 箱线图的宽度有点大,盖住了背后的小提琴图,把宽度设置的小一点,需要加width参数 代码语言:javascript 复制 ggplot(data=df,aes(x=groups,y=value,fill=type))+geom_violin()+geom_boxplot(width=0.3) ...
geom_half_violin() 最近在一个介绍ggplot2扩展包的链接里发现了一个包叫see,这个包里有一个函数是geom_violindot()函数,画云雨图非常方便,下面简单介绍一下代码 首先是安装see这个R包 代码语言:javascript 复制 install.package("see") 使用鸢尾花的数据集作图 ...
ggplot图的元素可以主要可以概括如下:最大的是plot(指整张图,包括background和title),其次是axis(包括stick,text,title和stick)、legend(包括backgroud、text、title)、facet这是第二层次,其中facet可以分为外部strip部分(包括backgroud和text)和内部panel部分(包括backgroud、boder和网格线grid,其中粗的叫grid.major,细...
geom_flat_violin, gghalves::geom_half_violin 箱线:geom_boxplot 小提琴:geom_violin 热力图(方块):geom_tile 人体/动物解剖图:gganatogram 划线:geom_segment, geom_vline, geom_hline, geom_abline 文本:annotate, labs, geom_text (文本), geom_label (矩形) 置信区间:geom_ord_ellipse 转化为ggplot...
ggplot图的元素可以主要可以概括如下:最大的是plot(指整张图,包括background和title),其次是axis(包括stick,text,title和stick)、legend(包括backgroud、text、title)、facet这是第二层次,其中facet可以分为外部strip部分(包括backgroud和text)和内部panel部分(包括backgroud、boder和网格线grid,其中粗的叫grid.major,细...
geom_boxplot(width = 0.2, outlier.color = "red", alpha = 0.7) + # Enhanced axis labels and title for clarity and impact labs( x = 'Day', y = 'Time (seconds)', title = "Rorarod Performance Across Different Genotypes", subtitle = "Boxplot and half-eye plot visualization" ...