此时得到GO富集绘图: dotplot 4 ggplot2包绘图 上面的图有点单调,我们可用ggplot2绘制更美观一点的图。 有些绘图用的Enrichment Factor或者Fold Enrichment值为横坐标。这个值需要自行计算。 Enrichment Factor = GeneRatio/BgRatio GeneRatio:基因比,分子是富集到此GO term上的基因数,而分母是所有得输入基因数。BgRat...
使用clusterProfiler包进行GO富集分析，然后利用enrichplot和ggplot2绘制图表。举例：从DOSE包中获取100个基因的EntrezID。执行GO富集分析，选择类型为BP、MF或CC。将结果输出为txt文件。enrichplot包用于绘制GO富集图表，包括barplot和dotplot。ggplot2绘制更为美观的图表，计算Enrichment Factor或Fold Enrichment值...
其中,ggplot2是用于数据可视化的重要组成部分,提供了强大且灵活的绘图功能,使用户能够创建高质量的图表,用于数据探索和展示。 enrichplot:enrichplot是一个用于生物信息学分析的R包,主要用于功能富集结果的可视化。它提供了多种绘图函数,可以绘制基因集的富集分析结果,如GO条形图、KEGG通路网络图等。enrichplot提供了丰富...
ggplot(df_plot)+geom_point(aes(RatioF,Description,color = Pvalue,size = Number))+labs(x="GeneRatio",y="GO description") +labs(title="")+scale_color_gradient(low = color_1[1],high=color_1[2],name="Pvalue")+theme_bw()+facet_grid("Group",scales = "free_y",space = "free_y"...
5.enrichplot:enrichplot是一个用于生物信息学分析的R包,主要用于功能富集结果的可视化。它提供了多种绘图函数,可以绘制基因集的富集分析结果,如GO条形图、KEGG通路网络图等。enrichplot提供了丰富的参数设置,以满足用户对结果可视化的个性化需求。 KEGG富集分析 ...
富集分析通过统计检验识别在差异表达基因中显著过表征的GO term,常用方法包括: - 超几何检验 - Fisher精确检验 - GSEA算法### 1.2 可视化需求原始富集结果通常包含: - Term名称 - P值/q值 - 富集因子 - 基因数量 热图通过颜色和大小双重编码可同时展示: ...
go structure enrichment results r ggplot2 https://cran.r-project.org/web/packages/GOplot/vignettes/GOplot_vignette.html https://arxiv.org/ftp/arxiv/papers/1602/1602.07103.pdf 基本上生物信息学所有常见的图在Google里面都可以找到现成的代码!
一个示意图如下图所示,其实此图中的GO Terms长度相对是可以接受,实际情况下可能会遇到非常长的GO Terms,导致整个图的比例非常失调。 如果可以按照一定的长度折叠过长的GO Terms的话,那么这个问题就能得到解决了。 代码语言:javascript 代码运行次数:0 library(tidyverse)library(clusterProfiler)library(org.Hs.eg.db)...
setwd("E:\\IMA\\R\\GO_draw") library(ggplot2) file="NJFvsLBF_up.DEG_GO_enrichment_result.xls"outfile="NJFvsLBF_up.DEG_GO_enrichment_result.v2.pdf"data <-read.table(file,sep="\t",header=T) data = data[data$Over_represented_pValue <=0.05,] ...
计算Enrichment Factor需要根据GeneRatio（富集到特定GO term的基因数除以所有输入基因数）和BgRatio（GO term的基因数除以所有被GO注释的基因数）来完成。ggplot2不仅能够绘制柱状图和点状图，还可以通过调整排序、颜色等参数来美化图表，如使用-log10(pvalue)值来区分颜色。此外，通过fct_reorder函数对x轴的...