library(readxl)dat01<-read_excel("example_data/08-heatmap/02_long_data.xlsx")head(dat01) 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 ## # A tibble: 4 x 3 ## x y value ## <chr> <chr> <dbl> ## 1 gene1 sample1 3 ## 2 gene1 sample2 4 ## 3 gene2 sample1 5 ##...
ggplot_tile进行画图 gplots 数据处理成矩阵形式,给行名列名 调制颜色并用heatmap.2画热图(heatmap.2函数内部用hclustfun 进行聚类) R语言代码 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 library(ggplot2)library(data.table)CN_DT<-fread("/home/ywliao/project/Gengyan/ONCOCNV_result/ONCOCNV_all...
ggpheatmap提供了一个函数ggheatmap_plotlist,可以查看图的组成部分,然后对对应的部分通过theme主题分别修改。 ggheatmap_plotlist(p) 添加分割线和边框。 library(dplyr) p1 <- p%>%ggheatmap_theme(1,theme =list(geom_vline(xintercept=c(11.5,55.5),size=.8))) p2 <- p1%>%ggheatmap_theme(2,the...
方法2:ComplexHeatmap 管它什么类型热图,只要是热图,ComplexHeatmap就能搞定。读入数据作图,效果和ggplot2一样。 library(ComplexHeatmap) B <- read.csv("gene_dis.csv", header = T, row.names = 1) Heatmap(B, cluster_rows = F, cluster_columns = F, show_column_names = T, show_row_names = ...
x: position on the X axis y: position on the Y axis fill: the numeric value that will be translated in a color # Librarylibrary(ggplot2)# Dummy datax<-LETTERS[1:20]y<-paste0("var",seq(1,20))data<-expand.grid(X=x,Y=y)data$Z<-runif(400,0,5)# Heatmapggplot(data,aes(X, ...
gg_heatmap PeRl ggplot2 heatmap 偶然的机会,发现ggplot2画的heatmap也挺好看的,除了不能画出聚类树来(手动滑稽)。 随意新建了两个矩阵,并且计算对应的相关系数。 x<-matrix(sample(1:1000,100),ncol=10)y<-matrix(sample(1:1000,100),ncol=10)cor_score<-cor(t(x),t(y))plot_df<-data.frame(x...
ggheatmap_plotlist() Display the basic elements of the ggheatmap ggheatmap() Parameter Description datainput data(matrix or data.frame) colorthe color of heatmap legendNamecharacter,the title of heatmap legend scalecharacter,the way of scale data("none", "row" or "column") ...
heatmap(data,scale = 'column', col=terrain.colors(256), Colv = NA, Rowv = NA) 2.geom_tile ggplot2 中,热图可看作若干个小矩形组成。其几何对象就是rect(矩形)或tile(瓦片),两者效果相同。 mydata<-data.frame(year=2000:2015,lung=runif(16), ...
labels= ggplot(map, aes(x = ID, y=1, fill=Group)) + geom_tile() + scale_fill_brewer(palette ='Set1',name="Cell Type") + theme_void() g3_2 %>% insert_left(ggtree_plot, width=.2) %>% insert_top(labels, height=.02) %>%...
我在试这个(https://jcoliver.github.io/learn-r/008-ggplot-dendrograms-and-heatmaps.html)使用制作热图和树状图的教程ggplot 2.数据可以在这里找到:https://jcoliver.github.io/learn-r/data/otter-mandible-data.csv。 然而,当我尝试导出high-resolution图像时, ...