此外这次富集出来180多条go注释太多了画出的图太长所以首先筛选了qvalue005的还是有100多条然后选了各个classbpmfcc的top15此外在这里建议对enrichmentscore这一列az排序然后再对class排序这里主要是为了在展示的时候纵向上把同一个class的goterm防在一起横向上按照enrichmentscore从小到大排列此外在其他的bubblech
1、边界散点图(Scatterplot With Encircling) 2、边缘箱图/直方图(Marginal Histogram / Boxplot) 3、拟合散点图(Scatterplot) 4、计数图(Counts Chart) 5、分组气泡图(Bubble plot) 6、相关系数图(Correlogram) 7、水平发散型文本(Diverging Texts) 8、水平棒棒糖图(Diverging Lollipop Chart) 9、去棒棒糖图(Di...
date:=as.POSIXct(date)] # 计算自相关 acf_res <- acf(df$value, plot = FALSE, lag.max = 50) acf_df <- data.frame(Lag = acf_res$lag, ACF
("General","Very","Raito"),order=TRUE) #构造气泡图模拟Y轴:...<-ifelse(circle_point_data$Class=="Raito",circle_point_data$Value,0.3*circle_point_data$Value) (这里没有使用气泡图对应真实值作为气泡大小...) ###极坐标化前的柱形图和气泡图 ggplot()+ geom_linerange(data=circle_bubble,aes...
# gisticBubblePlot(gistic = coad.gistic) 这个图和文献里看到的还是差距很大的!下面我们学习下用ggplot2画图! ggplot2画图 基础知识 首先要了解这个图是什么意思,横坐标是染色体(或基因组?),纵坐标是G-Score,红色表示扩增,蓝色表示删失,如果要用ggplot2画这个图,那我们也要有这个数据才行!
气泡图(三维数据),size 可以是一个值,也可以是数据中的一列 pp + geom_point(aes(size=R0vsR3)) 添加颜色变化——四维数据 scale_colour_gradient:自定义一个连续型的配色,常用于热图; pbubble = pp + geom_point(aes(size=R0vsR3,color=-1*log10(Qvalue))) ...
y=factor(goinput$GO_Name,levels=goinput$GO_Name)##先出一个框架p=ggplot(goinput,aes(x,y))##数据特征包括bubble大小来源为匹配到这个term上的基因数,颜色为qvalue,颜色变化为从低到高:"SpringGreen"到"DeepPink"而类型则是class,p1=p+geom_point(aes(size=HitsGenesCountsInSelectedSet,color=-1*log(...
# gisticBubblePlot(gistic = coad.gistic) 这个图和文献里看到的还是差距很大的!下面我们学习下用ggplot2画图! ggplot2画图 基础知识 首先要了解这个图是什么意思,横坐标是染色体(或基因组?),纵坐标是G-Score,红色表示扩增,蓝色表示删失,如果要用ggplot2画这个图,那我们也要有这个数据才行!
另外,也可以用GOplot包绘制Bubble图、Circle图、Heat图、Chord图,可参考前一篇文章:R语言clusterProfiler包GO富集分析(enrichplot包、GOplot包和ggplot2绘图) 公众号“无知小生”其他文章: R语言进行相关性分析及相关性图(相关性热图)绘制 R语言批量获取与某一基因表达水平显著相关的基因 R语言生存分析之单因...
5 GOBubble图 需要GOplot包 library(GOplot) 画图需要一个circle_dat(terms, genes)数据框 terms:包含 'category', 'ID', 'term', adjusted p-value ('adj_pval') 及'genes'的数据框。 genes:包含 'ID', 'logFC'的数据框。 5.1 准备circle_dat数据 这里我们使用eGo10数据(见4.2),也就是前面BP、MF...