gffcompare是一个比较不同gtf文件的软件,常用于de novo组装的转录本与已知转录本的比较。这里只介绍gffcompare的常用参数以及结果文件。 gffcompare [-r<reference_mrna.gtf>[-R]] [-T] [-V] [-s<seq_path>] [-o<outprefix>] [-p<cprefix>] {-i|[..]} -r 指定参考gtf文件 -o 指定输出文件的前缀...
gffcompare_result.refmap:这个文件包含四列信息,第一列ref_gene_id是gene symbol ,无symbol的给出的是ensemble的gene id; 第二列ref_id是指ensemble的transcript id; 第三列class_code 是“=”和“c”;第四列是cuff_id_list。这个文件指组装后与参考基因组几乎完全匹配的转录本 gffcompare_result.tmap:包含了...
gffcompare_result.refmap:这个文件包含四列信息,第一列ref_gene_id是gene symbol ,无symbol的给出的是ensemble的gene id;第二列ref_id是指ensemble的transcript id;第三列class_code 是“=”和“c”;第四列是cuff_id_list。这个文件指组装后与参考基因组几乎完全匹配的转录本 gffcompare_result.tmap:包含了转录...
gffcompare_result.refmap:这个文件包含四列信息,第一列ref_gene_id是gene symbol ,无symbol的给出的是ensemble的gene id; 第二列ref_id是指ensemble的transcript id; 第三列class_code 是“=”和“c”;第四列是cuff_id_list。这个文件指组装后与参考基因组几乎完全匹配的转录本 gffcompare_result.tmap:包含了...
gffcompare: add aarch64/arm64 builds If this PR adds or updates a recipe, use "Add" or "Update" appropriately as the first word in its title. New recipes not directly relevant to the biological sciences need to be submitted to theconda-forge channelinstead of Bioconda....
gffcompare官网 gffcompare和gffread可以认为是专门开发出来用于处理gff格式文件的小工具。现在gff格式一般是用第三版gff3,以小鼠genecode上下载的gff文件为例,如下所示: chr1 HAVANA gene30732533074322. + . ID=ENSMUSG00000102693.1;gene_id=ENSMUSG00000102693.1;gene_type=TEC;gene_name=4933401J01Rik;level=2;hava...
gffcompare和gffread可以认为是专门开发出来用于处理gff格式文件的小工具。现在gff格式一般是用第三版gff3,以小鼠genecode上下载的gff文件为例,如下所示:chr1 HAVANA gene 3073253 3074322 . + . ID=ENSMUSG00000102693.1;gene_id=ENSMUSG00000102693.1;gene_type=TEC;gene_name=4933401J01Rik;level=2;havana_gene=...
官方文件 结果解读1 结果解读2 使用方法 How to find novel transcripts using GFFcompare?对于nanopore的data推荐使用 FLAIR Collapse 后的gtf数据,short reads 的方法网上随处可见。我的例子
but GffCompare has made this the default mode of operation (hence the -G option is no longer needed and is simply ignored when given). However please note that "matching" transcripts with fully identical intron chains (i.e. with the same exact intron coordinates, hence the same intron-exon...
不是全部为0吧，如果是全部为0，那就是与前面分析有关，如果是部分为0，那么还是蛮正常的，毕竟基因...