GFF3(general feature format)是最常用的基因结构注释的文件格式,大部分的注释工具也是将输出结果整理为该格式,GTF(gene transfer format)与GFF格式较为相似,因为其相对标准的组成格式和较高的拓展性(第三列定义区域类型,第9列可以添加任意多的属性)。 扩展阅读请点击此处,两种格式的文件区别如下: 现有工具介绍及效果...
gene的区别:39591+6812+27=46430 b73 gff3 awk'{print $3}'Zea_mays.B73_RefGen_v4.41.gff3|sort|uniq-c4670226711B73924857CDS12chromosome255contig1211157exon249764five_prime_UTR39591gene<---2591lnc_RNA154miRNA131585mRNA1ncRNA6812ncRNA_gene<---193pre_miRNA27pseudogene<---27pseudogenic_transcript1RNa...
GFF2还可用于序列比对结果表示等其它方面,这里不做介绍了。 gtf(gff2.5) http://mblab.wustl.edu/GTF2.html GTF(Gene Transfer Format)格式是借鉴于GFF2格式,也被称为GFF2.5,大部分字段的定义是和GFF2相同的,只是每行的第九列必须带有如下四个域,具体为gene_id value; transcript_id value; 这样的设计是...
gene的区别:39591+6812+27=46430 b73 gff3 b73 gtf w22 gff3 拟南芥 gtf 拟南芥 gff3 水稻 gtf 水稻 gff3
从上可以看出,就小鼠而言,gff和gtf文件只有在最后一列,也就是attribures列有略微区别;前者名称和值是以等号隔开,后者则是以空格隔开 因此gffcompare和gff不仅可以用来处理gff格式文件,还可以处理gtf格式文件 这两个工具都是约翰·霍普金斯大学开发的,也是hisat2和stringtie的开发者,下载地址如下: ...
今天在NCBI下载了酵母的参考基因组,没有找到gff格式的基因组注释文件,只找到了genbank格式的基因组注释文件。应该会有现成的工具来实现常用的基因组注释文件不同格式之间的相互转换。比如gtf、gff、和genbank之间的相互转换。 经过搜索找到三款工具可以把gb格式文件转换成gff格式注释文件。
with a set of gene model annotations and/or known transcripts, as a GTF 2.2 or GFF3 fo... 如何从结果中体现,如何同一批paired-end reads 使用paired-end 参数与不... 在linux下如何使用yum查看安装了哪些软件包 yum是可以解决rpm包的依赖关系,实际上的安装还是rpm包安装。命令如下。# rpm -qa 成人...
从上可以看出,就小鼠而言,gff和gtf文件只有在最后一列,也就是attribures列有略微区别;前者名称和值是以等号隔开,后者则是以空格隔开 因此gffcompare和gff不仅可以用来处理gff格式文件,还可以处理gtf格式文件 这两个工具都是约翰·霍普金斯大学开发的,也是hisat2和stringtie的开发者,下载地址如下: ...