二、下载GEO数据 1. 用GEOquery包下载 #安装并加载GEOquery包***BiocManager::install('devtools')***library(GEOquery)***#在平台找好数据库,找到GSE编号,destdir设置当前目录,getGPL 和AnnotGPL都设置TRUE,可以下载和获得平台的注释文件***gse=getGEO("GSE29250",GSEMatrix=TRUE,destdir=".",getGPL=T,Anno...
举个从GEO数据库下载的样例,逐步介绍RMA进行CEL表达谱数据标准化,以及limma算法提取差异表达基因的过程。source("链接")biocLite("affy")biocLite("Biobase")biocLite("tkWidgets")library(affy)AffyData<-ReadAffy(widget=TRUE)exprsSet.RMA<-rma(AffyData)##用rma方法处理数据exp.RMA<-exprs(exprsSet.RMA)##...