首先来到数据界面,这里以空间转录组举例子 鼠标来到Download 下的(ftp) 点击右键 复制链接 这个链接是 https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/samples/GSM6171nnn/GSM6171786/suppl/GSM6171786_WT_CO2_aligned_fiducials.jpg.gz 我们之后要把这个链接的前缀https改为ftp 3.打开终端 也就是shell ,输入这个代码 wget ...
3. 选择GEO,点击Learn more,进入数据提交页面。 4.进入GEO数据提交页面后,点击“GEO”进入GEO主页(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/) GEO数据下载 1.输入数据集或者样本ID 2.进入GSE页面 需要确认此数据是否采用10X Genomics平台(summary可能包含单细胞测序平台信息,若不包含,需搜索并查阅数据来源文章) 3.拉...
在R中读入不同格式的单细胞公共数据mp.weixin.qq.com/s/k-98jCwOHlQ89zp0gTCAKA ...
://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/ 该数据库最开始主要用于分享芯片数据,后来随着NGS技术的发展,也支持上传高通量测序数据。在该数据库中,将所有相关信息分成以下几类,示意如下 1.Platform芯片...测序数据,根据数据类型会给出不同种类的文件,如果原始的测序数据有上传到SRA数据库,也会给出对应SRA编号,示意如下3.Ser...