下载成功后,可以看到结果是一个xls的表格,点开表格找到download-path这一列,copy网址下载原始数据。 我是在服务器上下载,所以直接 wget https://sra-downloadb.be-md.ncbi.nlm.nih.gov/sos5/sra-pub-zq-11/SRR000/891/SRR891273/SRR891273.sralite.1 友情提示:尽量选在国内的上午时间下载,这样下载的速度会...
GEO批量下载原始数据 首先找到GEO数据集,以GSE92387为例 点SRA sent to 这里设置一下,点开下载好的excel 这里会有下载路径,全部复制到一个txt里面, 然后wget -c -i downloading.txt () 转fastq fastq-dump --gzip --split-3 -O rawdata SRR7748180.sralite.1...
具体方法为：首先，打开NCBI数据库链接http://www.ncbi.nlm.nih.gov，在搜索栏的左侧选择GEO Datasets，在搜索框中填入需要搜索的内容，例如搜索与水稻抗病相关的数据，输入rice disease，点击search， 搜索结果包含所有相关信息列表，其中大部分是利用表达谱芯片完成实验的数据，...
1、在已知GSM样本号之后,笔者以“GSM21231”为例。使用GEOquery包中的getGEOSuppFile函数获得cel文件的URL。 (此处的参数 fetch_files 要选择FALSE(默认为TRUE),表示不进行实际文件的下载,下载过程遵守ftp协议) 代码语言:javascript 复制 fileURL<-getGEOSuppFiles("GSM21231",fetch_files=FALSE) 获得的fileURL可能...
首先，GEO数据类型包括GPL芯片平台、GSM样本ID、GSE研究ID和GDS数据集ID。通常引用的是GSE研究ID。在GEO官网（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/），通过GSE ID搜索，你可以找到相应数据。如果需要的是标准化数据，可以直接在Supplementary file的ftp或http链接中下载。如果需求是原始数据，需点击...
而实际上,SRA数据库内有一些已发表的CNS文章的原始数据还有非常大的潜力等待被挖掘,如果研究人员只做了编码基因,则可以研究非编码基因,探究DNA调控元件;如果数据测序深度很深,则可以研究反式剪切,挖掘潜在的环状RNA;甚至可以拿原始测序数据从头分析,探寻新的基因。结合GEO数据库和SRA数据库进行数据挖掘可以“点面结合...
一种下载GEO原始数据CEL文件的方法(网络不畅通版) 在上一篇介绍了网络畅通情况下的下载CEL文件的方法,此处笔者偶然间发现了另外一种网络不通情况下的下载CEL文件的方法。 首先与前篇文章一样,获得需要的GsmID的URL 在已知GSM样本号之后,笔者以“GSM21231”为例。使用getGEOSuppFile函数获得cel文件的URL。
一般高通量测序文章发表时会将原始数据上传至GEO数据库并在文章中提供GSE 号,如果想对某些文章的数据进行在分析,可以在GEO数据库搜索文章中的GSE号。 GEO数据下载 一、进入GEO数据库 1.进入NCBI主页(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/) 2. 点击Submit进入数据提交页面,下拉至Other Tools ...
5. 完成!其实看别人的教程也有人直接用ascp就能下载的,不用搭配prefetch,我也试了一下NCBI官方文档(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK242625/)里的测试代码,其实是可以的。 ascp -T -k 1 -l 200M -i ~/anaconda3/envs/sradownload/etc/asperaweb_id_dsa.openssh anonftp@ftp.ncbi.nlm.nih.go...