在大规模分析GEO数据库的过程中,迫切需要批量、高速下载series matrix文件,而在下载数据过程中,因为网络等原因,各种报错层出不穷,如何来解决,一块来看看~ 1. 常见报错 ErrorincheckForRemoteErrors(val):one node produced an error:Timeout was reached:[ftp.ncbi.nlm.nih.gov]Operation timedoutafter10010millisec...
这里需要我们手动下载series matrix file,点击下载,获得文件GSE50901_series_matrix.txt.gz 然后下载GPL平台文件GPL13607-20416.txt,这里我们需要保留两列数据,除了第一列ID,还需要保留我们需要转换的基因名作为第二列 整理后的GPL文件如图所示,只保留两列即可 然后将GPL和series文件上传到option2的位置,点击运行即可。
一个基因探针ID编号对应一个基因名(有时基因名会缺失)。 找到这两列后,接下来到矩阵文件表格(series matrix)里新建一个子表格,将上述两列内容复制到其中,方便后续统一在一个excel文档中操作。 步骤2 关闭GPL注释文件表格,下述步骤集中在矩阵文件表格(series matrix)里操作。 首先提取矩阵文件表格里所能用到的临床...
一个基因探针ID编号对应一个基因名(有时基因名会缺失)。 找到这两列后,接下来到矩阵文件表格(series matrix)里新建一个子表格,将上述两列内容复制到其中,方便后续统一在一个excel文档中操作。 步骤2 关闭GPL注释文件表格,下述步骤集中在矩阵文件表格(series matrix)里操作。首先提取矩阵文件表格里所能用到的临床信...
第三种方式,在数据集介绍页面,下载Series_matrix文件: 解压后用excel打开txt文件: 在文件的头部,样本编号的下方,如果作者有提供每个样本的补充信息,则会出现在上图中框住的部分。这部分数据和GEO2R中看到的基本是一样的。 这种也是快速获取数据集中临床信息的一种方式。
采用Excle、Notepad+++这样的工具打开GSE70213_series_matrix.txt,然后将文件中的首位中含有!的行全部删除,只留下从”ID_REF”开始的数据行(如下图),然后另存为GSE70213_matirx. txt 将GSE70213_matirx.txt用Excel打开,数据形式如下: 然后另存为GSE70213_matrix.csv(也就是保存为csv格式。该操作务必进行!如果打...
GEO下载的seriesmatrix文件想把基因表达量用R转换为LOG2,求代码 1、xlsx文件转为txt分隔符存储('datExp.txt'); 2、dat = read.table('datExp.txt',header=T,sep='\t') #读取数据; 3、dat1 = dat[,-1] #删除dat的第一列,赋予dat1 4、rownames(dat1) = dat[,1] #把dat中第一列作为dat1的行...
找到这两列后,接下来到矩阵文件表格(series matrix)里新建一个子表格,将上述两列内容复制到其中,方便后续统一在一个excel文档中操作。 步骤2 关闭GPL注释文件表格,下述步骤集中在矩阵文件表格(series matrix)里操作。 首先提取矩阵文件表格里所能用到的临床信息,以及相应的GSM样本编号。
下载表达量数据:点击 Series Matrix File(s) 进行下载。下载之后解压到工作目录:GSE75214_series_matrix.txt 下载平台数据:点击 Platforms (1) GPL6244 进行下载:GPL6244-17930.txt 然后用代码加载数据: 1 2 3 4 5 # 将数据加载好 exp <- read.table("GSE75214_series_matrix.txt", header = TRUE, sep ...
方法二:下载表达矩阵(series matrix) 在Download family中点击Serier Matrix File(s),进入下载页面; 待下载完成后,可以直接使用read.table()函数读取进来。 rt <- read.table("GSE39582_series_matrix.txt.gz",sep = '\t', header = T,comment.char ...