这里需要我们手动下载series matrix file,点击下载,获得文件GSE50901_series_matrix.txt.gz 然后下载GPL平台文件GPL13607-20416.txt,这里我们需要保留两列数据,除了第一列ID,还需要保留我们需要转换的基因名作为第二列 整理后的GPL文件如图所示,只保留两列即可 然后将GPL和series文件上传到option2的位置,点击运行即可。
save(GSE71187_expr,GSE71187_clin,file = 'GSE71187.rda') 处理结果如下: 临床数据 表达数据 看起来是不是整洁多了呢~ 2 Part.2 Illumina数据的处理 对于Illumina数据,我们以GSE76427为例,需要下载的文件有以下三个:①GPL10558;②Series Matrix Files;和...
以GSE17025为例 ⏩从浏览器中手动下载Series Matrix files文件和GPL平台注释信息(这里是GPL570) GPL平台注释文件下载界面,可以看到许多“#”开头的行,这些是注释信息,一般关注这些注释信息中的“data processing”,这行中可以看到数据是如何归一化和标准化的,以及是否已经经过log转化等。 ⏩得到这两个文件后,我们...
下载表达量数据:点击 Series Matrix File(s) 进行下载。下载之后解压到工作目录:GSE75214_series_matrix.txt 下载平台数据:点击 Platforms (1) GPL6244 进行下载:GPL6244-17930.txt 然后用代码加载数据: 1 2 3 4 5 # 将数据加载好 exp <- read.table("GSE75214_series_matrix.txt", header = TRUE, sep ...
4. 手动下载GEO matrixfile载并初始化数据(示例性数据GSE70213) 首先打开GEO站点(https://www.ncbi.nlm./geo/),在搜索框中输入GSE70213,点击搜索,可获得GSE70213的记录页面。此时,找到页面底下的“Series Matrix File(s)”,点击下载,将数据压缩包保存到事先设置好的R用户目录下(如我设置的为C:\Users\liumwei...
51CTO博客已为您找到关于geo数据库的Series Matrix File的相关内容,包含IT学习相关文档代码介绍、相关教程视频课程,以及geo数据库的Series Matrix File问答内容。更多geo数据库的Series Matrix File相关解答可以来51CTO博客参与分享和学习,帮助广大IT技术人实现成长和进步。
在GEO中,所有的data series除了上传原始数据外,还会有一个已经处理好的表达值矩阵,这个是GEO强制要求submitter在上传过程中必须上传的,就存储在series matrix file中。我们在分析数据的时候,可以直接使用这个series matrix file作为表达值进行后续的分析。 2
在GEO中,所有的data series除了上传原始数据外,还会有一个已经处理好的表达值矩阵,这个是GEO强制要求submitter在上传过程中必须上传的,就存储在series matrix file中。我们在分析数据的时候,可以直接使用这个series matrix file作为表达值进行后续的分析。 Step2:从表达值到功能分析...
GEO下载的seriesmatrix文件想把基因表达量用R转换为LOG2,求代码 1、xlsx文件转为txt分隔符存储('datExp.txt'); 2、dat = read.table('datExp.txt',header=T,sep='\t') #读取数据; 3、dat1 = dat[,-1] #删除dat的第一列,赋予dat1 4、rownames(dat1) = dat[,1] #把dat中第一列作为dat1的行...
在大规模分析GEO数据库的过程中,迫切需要批量、高速下载series matrix文件,而在下载数据过程中,因为网络等原因,各种报错层出不穷,如何来解决,一块来看看~ 1. 常见报错 ErrorincheckForRemoteErrors(val):one node produced an error:Timeout was reached:[ftp.ncbi.nlm.nih.gov]Operation timedoutafter10010millisec...