高通量测序(High-throughput sequencing, HTS)数据的处理是一个复杂且多步骤的过程,特别是当这些数据来自GEO(Gene Expression Omnibus)这样的公共数据库时。以下是一个基于你的提示,对GEO高通量测序数据处理的基本流程和工具的概述: 1. 了解GEO高通量测序数据的基本特征和格式 GEO数据库中的高通量测序数据通常以SRA(...
首先进入GEO网站(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/)官网(如下图所示),在检索位置输入数据集编号,点击箭头指向的位置进一步运行搜索。 在这里插入图片描述 搜索之后会弹出如下界面:首先需要检查物种类型(Homo sapiens),之后查看数据集的类型是否是高通量测序/芯片数据,这里是高通量测序数据(Expression profiling by ...
在发表文章之前往往需要将高通量测序的数据上传到 NCBI 数据库。上传的数据可以分为两类:①Raw data(fastq文件)通常上传到SRA、②Processed data(counts matrix、RDS 等)通常上传到GEO。本文详细介绍提交高通量测序 Processed data 到 GEO 的操作流程。 在进行操作之前,强烈建议先阅读我之前的推文:《提交高通量测序...
利用测序研究生命活动的基本规律日趋重要,转录组测序,单细胞测序等等都已经成为大规模地研究基因的手段,使得研究人员可以根据数据,利用统计学的检验进行无偏见的选取目的基因。 但是您可能会被那些令人生畏的术语、工具包括bowtie2、BWA、NGS,samtools、pysam等词所吓倒,同时还会遇到同样令人生畏的技术示例,如Illumina、焦...
geo高通量测序数据挖掘 geo高通量测序数据的处理 宏基因组宿主去污染 在上一篇文章中,详细的介绍了宏基因组如何下载以及如何使用fastp进行质控,本篇文章主要聚焦于如何对宿主污染进行去除。如何判断存在宿主污染的方法在上一篇文章中有提到,即GC含量严重偏离正态分布时我们就认为原始数据存在宿主污染,这里介绍的去除宿主...
GEOarchive has three required components: a metadata spreadsheet; processed data files, raw data files. Details about each component are described below. 通过三步悠然的上传数据 第一步,准备raw data 即测序文件,二代测序就是指的fastq或者fastq.gz文件,同时还有md5文件(Linux下md5sum file即可获得) ...
1. 提交高通量测序数据到 GEO --- 说明书\2. 提交高通量测序原始数据到 SRA --- 操作流程 ::: block-1 目录 1 注册 NCBI 账号 2 准备要上传的数据 2.1 Raw data files 2.2 Processed data files 2.3 Metadata spreadsheet 3 上传数据::: 在发表文章之前往往需要将高通量测序的数据上传到 NCBI 数据库。
高通量测序分析工具Bedtools使用介绍 bedtools: flexible tools for genome arithmetic and DNA sequence analysis. usage: bedtools <subcommand> [options] The bedtools sub-commands include: [ Genome arithmetic ] intersect Find overlapping intervals in various ways....