最后,将annotation CSV文件与表达矩阵结合。通过探针编号作为桥梁,可以轻松匹配并获取基因符号(gene_symbol)、染色体位置等详细信息。遵循上述步骤,即可实现从ID_REF到Gene_Symbol的转换,为后续的GEO数据库数据分析工作提供关键信息。
获取annotation CSV文件和表达矩阵,根据探针编号匹配就可以获取所有的gene_symbol、染色体位置等信息。
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header=TRUE,sep="\t",quote="",fill=T,comment.char="!")>class(a)#这里读取的是一个data.frame[1]"data.frame">str(a)#这里有6个样品,加一个芯片ID号,一共7列'data.frame':33297obs.of7variables:$X.ID_REF.:int7892501789250278925037892504789250578925067892507789250878925097892510...$X.GSM1052615.:num...
文档标签: GSW GeoRef数据库 GeoRef American Society Geological AAPG Institute AGI 数据库 系统标签: georef gsw 数据库 geoscienceworld 检索词 地质 GeoScienceWorld(GSW)是由7家地球科学领域的顶尖协会共同建立的非营利型组织,包括:美国石油地质师学会AmericanAssociationofPetroleumGeologists(AAPG)、美国地质协会Ame...
SpatialRef SQL参考 PointCloud SQL参考 Trajectory SQL参考 GeomGrid SQL参考 Geometry Pyramid SQL参考 FDW SQL参考 Utility SQL参考 Scene SQL参考 SfMesh SQL参考 MapMatching SQL参考 地图服务 桌面应用 常见问题 最佳实践 附录 技术白皮书 性能白皮书 性能调优指南 安全合规 API参考 SDK下载 常见问题 术语 相关协...
= "ID_REF",by.y = "ID") 其它ID转换方式 1DAVID网站提供了id转换的功能 1 选择上传gene list文件 2 选择上传ID的类型,我们ID-list.txt中的是Ensembl Gene ID,所以这里选ENSEMBL_GENE_ID 3 这个是类型,因为只做ID转换,所以选Gene List就ok了 ...