一般来说,GEO数据库的文件是没有必要高速下载的,因为里面存放的都是表达量矩阵等,文件非常小,通过浏览器点击下载的方式就算是网络很慢,等等也会成功。 但是如果要下载成百上千个文件,最好是使用代码批量下载,而且现在单细胞技术的大行其道,使得表达量矩阵文件本身也会很巨大,比如:https://www.ncbi.nlm.nih.gov...
借助aspera的高速下载 首先自行参考:使用ebi数据库直接下载fastq测序数据 , 配置好aspera软件即可,然后要详细的阅读GEO数据库的官方文档 ncbi.nlm.nih.gov/geo/in ibm.com/support/pages/d 需要构建的命令如下所示: conda activate download ascp -v -k 1 -T -l 200m \ -i ~/miniconda3/envs/download/et...
一般来说,GEO数据库的文件是没有必要高速下载的,因为里面存放的都是表达量矩阵等,文件非常小,通过浏览器点击下载的方式就算是网络很慢,等等也会成功。 但是如果要下载成百上千个文件,最好是使用代码批量下载,而且现在单细胞技术的大行其道,使得表达量矩阵文件本身也会很巨大,比如:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/...
一般情况下，你下载的是count，所以肯定需要标准化。至于qc，看你自己，你如果想比原数据更严格，可以再...
然而，若需下载大量文件，如成百上千个，建议使用代码进行批量下载。随着单细胞技术的普及，表达量矩阵文件体积也变得相当大，例如：ncbi.nlm.nih.gov/geo/qu... ，可看到文件大小达到9.3 Gb：若以常规速度下载，可能需要两三天时间：借助aspera的高速下载：首先自行参考：使用ebi数据库直接下载fastq测序...
GEO数据下载 1.输入数据集或者样本ID 2.进入GSE页面 需要确认此数据是否采用10X Genomics平台(summary可能包含单细胞测序平台信息,若不包含,需搜索并查阅数据来源文章) 3.拉至页面最下方,选择需要下载的样本并点击 4.进入样本GSM页面 5.下拉并点击SRA数据ID ...
首先来到数据界面,这里以空间转录组举例子 鼠标来到Download 下的(ftp) 点击右键 复制链接 这个链接是 https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/samples/GSM6171nnn/GSM6171786/suppl/GSM6171786_WT_CO2_aligned_fiducials.jpg.gz 我们之后要把这个链接的前缀https改为ftp ...
在R中读入不同格式的单细胞公共数据mp.weixin.qq.com/s/k-98jCwOHlQ89zp0gTCAKA ...
://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/ 该数据库最开始主要用于分享芯片数据,后来随着NGS技术的发展,也支持上传高通量测序数据。在该数据库中,将所有相关信息分成以下几类,示意如下 1.Platform芯片...测序数据,根据数据类型会给出不同种类的文件,如果原始的测序数据有上传到SRA数据库,也会给出对应SRA编号,示意如下3.Ser...