GEO数据库是一个由美国国立生物技术信息中心(NCBI)创建和维护的基因表达数据库。自2000年成立以来,GEO已经收集了来自全球各国研究机构的基因表达数据,涵盖了肿瘤、非肿瘤、芯片、NGS、差异分析和分子验证等多个领域。这些数据都是公开免费的,许多已发表的论文中涉及基
DATABASE代表GEO数据库的基本信息,PLATFORM代表该平台的基本信息,SAMPLE代表用该平台得到的样本信息,SERIES代表使用该平台得到的一组样本。 在每种类别中,!开头代表一种类型的信息,常规格式为key = value, 比如:Platform_geo_accession = GPL17515 对于芯片平台而言,还会提供探针和基因之间的对应关系等信息,在对应的网...
今天来给大家介绍一下 如何去使用GEO数据库,以及怎样筛选适合自己的数据集。 01.什么是GEO数据库 GEO(GENE EXPRESSION OMNIBUS)数据库是由美国国立生物技术信息中心(NCBI)于2000 年创建的基因表达数据库,收…
GEO数据库全称GENE EXPRESSION OMNIBUS,是由美国国立生物技术信息中心NCBI创建并维护的基因表达数据库。它创建于2000年,收录了世界各国研究机构提交的高通量基因表达数据,也就是说只要是目前已经发表的论文,论文中涉及到的基因表达检测的数据都可以通过这个数据库...
一、 GEO数据库简介 主页:ncbi.nlm.nih.gov/geo/ GEO,全称Gene Expression Omnibus,由美国国立生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information,NCBD)于2000年创建并维护至今。初始建立的时候,主要存储表达芯片数据,之后逐渐扩展到许多其它数据类型,比如二代测序以及其他形式的高通量基因组数据,并提供免费...
GEO和TCGA分别是两种不同类型的数据库,GEO是Gene Expression Omnibus的缩写,主要存储基因表达数据和高通量基因组数据,TCGA是The Cancer Genome Atlas的缩写,主要用于收集和分析癌症基因组数据。这两种数据库在生物信息学和医学研究中都具有重要作用。GEO数据库是由美国国家生物技术信息中心(NCBI)开发的,提供了一个公开的...
GEO数据库全称GENE EXPRESSION OMNIBUS,是由美国国立生物技术信息中心NCBI创建并维护的基因表达数据库。它收录了世界各国研究机构提交的高通量基因表达数据,目前已经发表的论文中涉及到的基因表达检测的数据可以通过这个数据库中找到,并且免费提供下载,对科研人来说真是非常友好的存在。
GEO数据库,全称为Gene Expression Omnibus,是一个公开的基因表达数据存储数据库,用于存储高通量基因表达数据和其他形式的高通量功能基因组学数据。GEO数据库的测结果主要包括:1、基因表达水平数据;2、基因变异数据;3、DNA甲基化数据;4、基因相互作用数据;5、基因本体数据。其中,基因表达水平数据是GEO数据库最主要的测...
GEO数据库的数据类型主要包括基因芯片数据和高通量测序数据。基因芯片数据是通过基因芯片技术获得的,可以同时检测成千上万个基因的表达水平。而高通量测序数据则是通过高通量测序技术获得的,可以对整个基因组进行深度测序,得到基因的表达和变异信息。这些数据对于理解基因调控、疾病发生机制以及药物研发等方面具有重要意义。
初识GEO数据库,日常工作避免不了需要查询一些数据,下面就是对GEO数据库简单使用的介绍 01登录GEO数据 网址:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gds 02在红色框住的搜索框中输入需要查询的疾病名称,这里我们以 妊娠期糖尿病为例:gestationaldiabetes and GEO,搜索 ...