是指将基因芯片或转录组测序中使用的探针ID(probe ID)转换为对应的基因符号(gene symbol)。探针ID是用于标识基因芯片上的探针或引物序列的唯一标识符,而基因符号是用于表示特定基因的符...
#ID转换,把gene_symbol转换成ENTREZID。 SYMBOL2ENTREZID<- bitr(genes_list, fromType ="SYMBOL",toType ="ENTREZID",OrgDb ="org.Hs.eg.db",drop =T)## 由symbol转换为ENTRZIDclass(SYMBOL2ENTREZID) dim(SYMBOL2ENTREZID) enrich_result<- enrichGO(gene =SYMBOL2ENTREZID$ENTREZID,## 富集分析org....
response = requests.get(url=temp1) start = response.text.find("Gene ID: ")#替换此处查找的文本可以实现Gene symbol、Gene type等转换 end = response.text.find(", updated on") if start != -1 & end != -1: gid = response.text[start + 9:end] print(gid) ids += gid + '\n' except...
将probeID转换为gene symbol通常需要一个注释文件,这个文件包含了probeID和gene symbol之间的对应关系。这个注释文件通常可以从芯片制造商的网站或者公共数据库中获取。 以下是一个简单的Python脚本,它使用pandas库来进行转换: 代码语言:javascript 复制 import pandas as pd # 加载注释文件 annotation = pd.read_csv(...