2.4 开始跑gene-based关联分析研究。 默认参数: vegas2 test_vegas2input.txt -pop 1000GEURO -subpop EURO -genesize 0kbloc -top 100 -sex BothMnF -max 1000000 -out genebased.V2out 注意: –chr和 –genelist参数不要同时使用,同样,–top 和–bestsnp参数也不要同时使用。不然没法工作。 -pop是指研...
g1000_eur.genes.out即为gene-based 关联分析结果: gene-based 关联分析结果的释义如下所示: • GENE: the gene ID as specified in the annotation file • CHR: the chromosome the gene is on • START/STOP: the annotation boundaries of the gene on that chromosome (this includes any window arou...
magma --bfile /GWAS/split_chr/Middle/chr1 --gene-annot gevin.genes.annot --out gevin_gene_based_rawdata 基于SNP p-value数据的基因分析 magma --bfile /GWAS/split_chr/Middle/chr1 --gene-annot gevin.genes.annot --pval SNPassocFisher.result use=2,8 N=170 --out gevin_gene_based 参数分别...
Gene-Based Association (GBA) analysis是基于全基因组关联分析的一种目前GWAS可以分为基于突变(SNP,CNV,SV),基因和通路三种。其中基于突变的主要是单核苷酸多态(SNP),目前,可以使用的软件比较多,比如TASSEL,GAPIT,PLINK等。从近几年发的文章来看,和人相关的GWAS分析一般都是使用PLINK,而动植物的除了TASSEL,GAPIT外,...
但用过的人就知道,VEGAS2有个很明显的缺点,跑起来很占CPU,因此今天再重新推荐另一个工具GCTA,也是可以计算gene-based关联分析的。 1、下载、安装 首先,下载GCTA: wget https://cnsgenomics.com/software/gcta/bin/gcta_1.92.4beta2.zip 解压: unzip gcta_1.92.4beta2.zip ...
使用vegas2v2进行gene-based分析 历时了4天,终于跑通了,耶! 这里要注意 1、vegas2v2运行前一定要加perl 2、需要分析的变异(也就是-snpandp后面跟着的文件),必要要有rsID号,否则不能识别 3、-custom 后面的基因型数据不能有PAR系列染色体的数据,否则后面无法分析...
1.以软件为主体,介绍了统计遗传中gene-based方法思想。2.介绍了软件的特性及算法,及应用场景。3.涉及了一些统计学知识和计算机相关的介绍。, 视频播放量 1111、弹幕量 0、点赞数 37、投硬币枚数 23、收藏人数 57、转发人数 12, 视频作者 进化之眼bsz, 作者简介 Doctor 进
在过程,参考可能另外做给进一步笔记在德国人的出版物 [translate] aFunctional gene array-based analysis of microbial communities in heavy metals-contaminated lake sediments. 功能基因在重的金属污染的湖沉积排列根据对微生物社区的分析。 [translate]
The hybridization of methanogenic community in FISH analysis based on two target genes was almost identical except a little different hybridization areas. The average relative abundance of methanogenic community was 24.25%卤6.47% detected by FISH based on mcrA gene, lower than that based on 16S rRNA...
Constraint-based analysis of gene interactions using :基于约束的分析基因的相互作用用of,基因,分析,gene,using,DNA,Gene,Using,USING,GENES 文档格式: .pdf 文档大小: 1.14M 文档页数: 18页 顶/踩数: 0/0 收藏人数: 0 评论次数: 0 文档热度: