# 采用bitr()函数进行转换 gene_symbol <- bitr(Ensembl_ID, fromType="ENSEMBL", toType=c("SYMBOL", "ENTREZID"), OrgDb="org.Hs.eg.db") # 查看转换的结果 head(gene_symbol) data=data.frame(gene_id,data[match(gene_id$ENSEMBL,data$Ensembl_ID),])#匹配到表达矩阵中 data=data[,-4]#去...
转换ENSG号为genesymbol ensg_to_gene_symbols <- function(ensg) { ensg <- as.character(ensg) # 转换为字符类型 ensg <- substr(ensg, 1, 15) # 去除版本号 gene_symbols <- match(ensg, ensg_data$ENSG) # 进行映射 return(gene_symbols)} 进行ENSG到geneid的转换，同样需要准备一个包...
二:通过上述操作,得到了RefSeq号,即STOP_ID.1,下面就是根据RefSeq号,匹配得到Genesymbol和geneID,注意:此处的STOP_ID.1可以有不同的名字,但处理原则一样,拆分--匹配 ###使用hgu95av2.db包进行数据转换REF号 library(hgu95av2.db) type=columns(hgu95av2.db)##查看包中内容 type ##读入数据 gpl<-read...
既然如此，把symbol转换成gene id，然后再去提取序列不就行了……如果你会R语言的话，可以用biomaRt这个...
bash gtf_geneid2symbol_gencode.sh image.png 二、取最高表达量的一个重复gene symbol 以下代码参考修改自ensembl_id转换之两种方法比较 - 简书 (jianshu.com) 整体思路: 构建包含ensembl_id、gene symbol和基因表达中位数的ids对象——将gene symbol按照基因表达从大到小排列——去重复gene symbol行——根据id...
Convert gene symbols to ensembl gene IDsXi Wangxi.wangnewcastle.edu.au
表格的第一列为Ensemblgene_id,此时需要将gene id转为symbol,我们首选需要该物种的gtf文件,这里使用hg19(来自Ensembl的GTF)。执行命令 python TransFromGTF.py -input CAP-vs-CA.genes.filter.annot.xls -gtf hg19.gtf -source gene_id -to gene_name -idname id -outname list.out --header --keep ...
如果是用org.Hs.eg.db包,首先你只需要读取你的待转换ID文件,构造成一个向量,tmp,然后只需要symbols <- org.Hs.egSYMBOL[as.character(tmp)]就可以得到结果了,返回的symbols是一个对象,需要用toTable这个函数变成数据框。但是这样转换容易出一些问题,比如如果你的输入数据tmp,里面含有一些无法转换的gene entrez ID...
以将gene symbol 转换为 Entrez gene ID 为例,读取D盘R文件夹中的B.txt文件中的基因名，然后进行ID...
#ID转换,把gene_symbol转换成ENTREZID。 SYMBOL2ENTREZID<- bitr(genes_list, fromType ="SYMBOL",toType ="ENTREZID",OrgDb ="org.Hs.eg.db",drop =T)## 由symbol转换为ENTRZIDclass(SYMBOL2ENTREZID) dim(SYMBOL2ENTREZID) enrich_result<- enrichGO(gene =SYMBOL2ENTREZID$ENTREZID,## 富集分析org...