GSEA(Gene Set Enrichment Analysis),中文翻译为“基因集富集分析”,是一种生物信息学方法。它是一种用于基因表达数据分析的方法,通过对特定生命过程、通路、细胞类型等的基因集进行富集分析,找出与这些基因集最相关的基因表达数据集,从而推断出不同基因集的生物功能和生理过程。GSEA主要用于解释基因集整体分析中的差异...
when $p=1$, we are weighting the genes in $S$ by their correlation with $C$ normalized by the sum of the correlations over all of the genes in S. We set $p=1$ for the examples in this paper. (See Fig. 7, which is published as supporting information on the PNAS web site.) ...
根据上述情况,有了GSEA(Gene Set Enrichment Analysis),其思路是发表于2005年的Gene set enrichment analysis: a knowledge-based approach for interpreting genome-wide expression profiles. 主要是要有两个概念: 1. 预先定义的基因集S(基于先验知识的基因注释信息,比如某一个生物功能或者信号通路里面涉及的基因。在...
定义:GSEA(Gene Set Enrichment Analysis)是一种基于基因集的富集分析方法, 用来评估一个预先定义的基因集的基因在与表型相关度排序的基因表中的分布趋势,从而判断其对表型的贡献 基本原理: 使用预定义的基因集 (可以是GO注释、MsigDB的注释或其它符合格式的基因集定义),将基因按照在两类样本中的差异表达程度排序,然...
一、fgsea包,fgsea是Fast Gene Set Enrichment Analysis的缩写 1. 首先需要准备好rank文件,就是排好序的基因列表文件。一般做完差异表达分析都能得到这样一个文件。第一列是entrez gene id号,第二列可以是t值,也可以是foldchange。 代码语言:javascript ...
GSEA(Gene set enrichment analysis, 基因集富集分析) 基本思路:“碰到1个基因就往上” 示例 NES:富集分数 这个图说明:在 KIRP 中,HDAC11 与 EMT 信号通路(第4个)呈负相关等等。 跟随GSEA出来的,还有这样一个表格: p值:分析GSEA的结果是否显著:要求Pvalue<0.05 ...
一、fgsea包,fgsea是Fast Gene Set Enrichment Analysis的缩写 1. 首先需要准备好rank文件,就是排好序的基因列表文件。一般做完差异表达分析都能得到这样一个文件。第一列是entrez gene id号,第二列可以是t值,也可以是foldchange。 >ranksIDt1170942-63.3370342109711-49.747787318124-43.638784412775-41.518887572148-33.26...
1.ES(Enrichment Score)的计算 Kolmogorov-Smirnov 检验 详细介绍可参见 https://www.cnblogs.com/arkenstone/p/5496761.html 以gseKEGG的结果,KS测试检验是,treat vs control(geneList-L)的分布与geneSet的分布是否一致;得出检验的结果是ES 基因列表为ID计算logFC计算所得,L中的基因在S中,总和增加,不在S中,总...
1.在基因集的水平上进行分析； 2.基于先验的生物学知识（基因集S）； 3.不具有统计学意义的基因也会考虑进去(Gene List L)； 4. 目的： 观察基因集S中的基因在L中是随机分布还是集中在top/bottom（预期是如果富集，会呈现出后面的分布）；不咋华丽的分割线，结合上clusterprofiler的gse...
一、fgsea包,fgsea是Fast Gene Set Enrichment Analysis的缩写 1. 首先需要准备好rank文件,就是排好序的基因列表文件。一般做完差异表达分析都能得到这样一个文件。第一列是entrez gene id号,第二列可以是t值,也可以是foldchange。 > ranksID t1 170942 -63.3370342 109711 -49.7477873 18124 -43.6387844 12775 ...