Gene Ontology, 中文名叫做基因本体论,采用GO terms描述基因产物的功能, 并且提供了不同GO terms 之间的关系。官网如下 http://geneontology.org/ GO定义的基因功能分成以下3大类别: molecular function cellular component biological process 所有GO term构成了一个有向无环图,示意图如下 每个GO是图中的一个节点,...
Gene Ontology, 中文名叫做基因本体论,采用GO terms描述基因产物的功能, 并且提供了不同GO terms 之间的关系。官网如下 http://geneontology.org/ GO定义的基因功能分成以下3大类别: molecular function cellular component biological process 所有GO term构成了一个有向无环图,示意图如下 每个GO是图...
Gene Ontology, 中文名叫做基因本体论,采用GO terms描述基因产物的功能, 并且提供了不同GO terms 之间的关系。官网如下 http://geneontology.org/ GO定义的基因功能分成以下3大类别: molecular function cellular component biological process 所有GO term构成了一个有向无环图,示意图如下 每个GO是图中的一个节点,...
GO项目就是建立一套特定的词汇集合来描述生物学功能,以此对基因功能注释统一化。用于描述生物学功能的词汇必然要反映生物学功能的本质,此即本体论(Ontology)的由来。 GO项目对基因功能进行了一致性描述,开发了可控制的词汇表,且无物种特异性。目前已经建立了三大独立的本体论词汇表:生物过程(biological process...
对于已经筛选好的DEGs,复制其基因名称或者基因ID(输入ID可能会更准确一点),然后进入网址geneontology.org/ 在上述标注处输入复制的基因名称或者ID,其中有三种注释内容可选,即BP、MF、CC 点击submit 如图所示,继续下拉 可以看见最下面关于BP的基因的注释结果,点击Export results 然后用excel打开即可 按照上述相似的方法继...
Gene Ontology, 中文名叫做基因本体论,采用GO terms描述基因产物的功能, 并且提供了不同GO terms 之间的关系。官网如下 http://geneontology.org/ GO定义的基因功能分成以下3大类别: molecular function cellular component biological process 所有GO term构成了一个有向无环图,示意图如下 ...
GO ONTOLOGY将物种中基因的功能分成了三个部分:分子功能 (Molecular Function, MF);细胞组分 (Cellular Component, CC);生物过程 (Biological Process, BP)。 其中,BP表示生物反应的宏观过程,CC表示细胞内发挥功能的具体位置,MF则表示在细胞微观层面发挥的作用。比如TP53基因,其BP为「细胞周期调控」,CC是「染色质」...
GOA全称Gene Ontology Annotation, 是EMBL-EBI构建的一个GO注释信息的数据库。官网如下 https://www.ebi.ac.uk/GOA 该数据库提供了以下3种生物分子的GO注释信息 来自UniProtKB数据库的蛋白 来自RNACentral数据库的RNA 来自Complex数据库的蛋白复合物 ...
上一部分中,我们对Gene Ontology数据库进行了初步的介绍。这一部分,主要讲述如何对基因进行GO注释。在不同的场景下GO注释方式会存在一定的区别,我们现在就两种情况进行介绍 1、 基因已知基因名称 对于目前研究比较清楚的模式生物(如人类、小鼠等)可以直接通过Amigo网页进行释: 通过Amigo网页直接进行搜索 如果已知的是基...
GOA全称Gene Ontology Annotation, 是EMBL-EBI构建的一个GO注释信息的数据库。官网如下 https://www.ebi.ac.uk/GOA 该数据库提供了以下3种生物分子的GO注释信息 来自UniProtKB数据库的蛋白 来自RNACentral数据库的RNA 来自Complex数据库的蛋白复合物 GOA数据库的注释信息不仅包括由Gene Ontology委员会的专家们提供的手...