将转录组测序数据中的基因ID(例如ENSEMBL ID、RefSeq ID等)转换为基因符号(Gene Symbol)是生物信息学分析中常见的需求。以下是一些常用的方法和工具: 1.使用生物信息学工具包:可以使用一些生物信息学工具包进行转换,例如Bioconductor的R包。在R中,您可以使用org.Hs.eg.db(人类)、org.Mm.eg.db(小鼠)等注释包来...
gene_symbol <- bitr(Ensembl_ID, fromType="ENSEMBL", toType=c("SYMBOL", "ENTREZID"), OrgDb="org.Hs.eg.db") # 查看转换的结果 head(gene_symbol) data=data.frame(gene_id,data[match(gene_id$ENSEMBL,data$Ensembl_ID),])#匹配到表达矩阵中 data=data[,-4]#去除重复的Ensembl_ID列...
62.GEO数据下载与注释(org.Hs.eg.db解决GPL没有gene symbol的注释问题) 文云博士VIP 5476 2 【R语言】没有symbol如何进行ID转化 亚卡达力biu 8775 0 在线批量快速Ensembl基因id转symbol,NCBI entrez geneid转symbol 微生信课堂 4167 0 快速爬取TCMSP并进行uniprot的ID转换 Phar_C 2.4万 37 ...
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如图 发布于 2022-03-24 23:07 生物信息学 打开知乎App 在「我的页」右上角打开扫一扫 其他扫码方式:微信 下载知乎App 开通机构号 无障碍模式 验证码登录 密码登录 中国+86 其他方式登录 未注册手机验证后自动登录,注册即代表同意《知乎协议》《隐私保护指引》...
转换ENSG号为genesymbol ensg_to_gene_symbols <- function(ensg) { ensg <- as.character(ensg) # 转换为字符类型 ensg <- substr(ensg, 1, 15) # 去除版本号 gene_symbols <- match(ensg, ensg_data$ENSG) # 进行映射 return(gene_symbols)} 进行ENSG到geneid的转换，同样需要准备一个...
基因entrez ID转换 Gene Symbol 名字 R语言 setwd("/share/nas1/huangls/test/hypertension") library(org.Hs.eg.db) library(annotate) df=read.table("GPL19109.soft.1",header = T,sep = "\t",stringsAsFactors = F) df=df[!is.na(df$ENTREZ_GENE_ID),] ...
GF04.GEO数据注释,R脚本转化genesymbol【中药复方网络药理学联合GEO分子对接5分文章套路 生信A计划】, 视频播放量 955、弹幕量 1、点赞数 7、投硬币枚数 2、收藏人数 13、转发人数 3, 视频作者 生信A计划, 作者简介 生信A计划,帮助更多人发表高质量SCI,相关视频:GF16-18
Uniprot基因ID/名称转换方法 1、打开uniprot网站,https://www.uniprot.org; 2、点击“Retrieve/ID mapping”,跳转页面进入ID转换界面; 3、上传ID列表,选择转换类型,进行转换; 4、查看并下载转换后的数据。 BioDBnet基因ID/名称转换方法 1、打开网站https://biodbnet-abcc.ncifcrf.gov/db/db2db.php; ...
R语言ENTREZID ID 转换 gene SYMBOL library(data.table) library(org.Hs.eg.db) library(clusterProfiler) setwd("example") dt <- read.table("VanAllen.self_subtract", sep ="\t", header =T) dt$geneid<-rownames(dt)#transform idmap_dt <- bitr(dt$geneid, fromType ="ENTREZID",toType =...