write.csv(ma_fpkm, file = "ma_fpkm.csv") 二、基因ID转gene symbol 从前面的结果我们很清楚的看到,每个基因都是用ID表示的,类似于ENSG00000000003,但看这个名称,根本不知道它是什么,我们通常也不习惯这样表示基因,还是习惯于Gene symbol。接下来我们将这个FPKM文件进行基因ID注释。 首先加载人基因数据库: libra...
FUN =function(x){x/sum(as.numeric(x)) * 10^6})# counts to RPKM\FPKMgeneLengths <- as.v...
在基因表达分析之后,发现样品之间的Pearson相关系数非常接近1,证实了数据的可靠性。从Cav-1 KO和WT 4 T1组获得的FPKM的主成分分析(PCA)证明了组间差异和组内样本的重复,表明Cav-1 KO和WT组是分开的;然而,来自相同组的样本聚集在一起。一旦定量基因表达,使用DESeq在阈值DESeq 2P值≤ 0.05下进行统计分析。所有...
制药公司在开发EGFR抑制剂时,利用GeneCards的Tissue Expression数据验证EGFR在肺癌组织中的特异性高表达(FPKM均值>50),为靶点选择提供依据。 组学数据注释 对单细胞测序获得的差异表达基因(如炎症相关基因IL6、TNF),通过GeneDecks模块进行功能富集分析,快速识别NF-κB信号通路的关键调控节点。 四、技...
WGCNA总共使用了5312个基因,平均FPKM用于WGCNA分析。这些模块是使用默认设置的自动网络构建功能块获得的。 计算每个模块的特征值并用于测试与每个品种和阶段的关联。 这些基因被分为 10 个品种和特定阶段的模块。 使用 Cytoscape_v.3.0.0 可视化网络。 AgriGO 用于 GO 分析。 Q值为0.05,被认为是显着富集。
对于DEGseq,由于使用的是FPKM的值,我们在查找参数变化的时候并没有找到很好的参数,所以并没有产生变化。对于EdgeR,我们在测试的过程中,只发现了调节dipersion这个参数能够很好的改变结果,但是在查询这个参数的统计学意义的过程中,我们发现这个参数是用于反应样本之间的数值随机变化的显著性,即当这个参数为设置为0的...
进一步检查了该基因在胚胎和种皮内的转录组谱(图 7d),并发现该基因在不同时间点在胚胎中的稳定和中等表达水平。然而,在种皮发育过程中,JreChr09G12363(JrANR)的表达水平呈不断上升的趋势,FPKM值可达~800,为JrANR在种皮发育中的作用提供了更多支持(Fig. 7d,e)。
如果是FPKM或TPM可选择limma,注意:edgeR和DESeq2只能处理count注意:count做差异分析计算上下调,FPKM或TPM进行下游可视化 生信技能树 2022/06/08 2K0 生信技能树R作业答案-中级 httphttps网络安全go云联网 ggpubr http://www.sthda.com/english/articles/24-ggpubr-publication-ready-plots/ Y大宽 2019/06/02 ...
在下游分析中,常见的分析是基于R包limma的差异分析。通过差异分析,找出实验组与对照组间存在富集值差异的通路。 准备: R(推荐在RStudio上操作)、R包GSVA、GSEABase和limma 输入文件: 表达矩阵文件(FPKM、counts、RPKM等)和gmt矩阵文件(GSEA分析输入的通路矩阵文件) ...