对于人和小鼠而言,NCBI, Ensembl等数据库都保存了对应的基因注释信息,不同数据库中的信息来源和可信度都不一样,gencode综合HAVANA和Ensembl 数据库中的信息,通过实验手段加以验证,从而构建一个高质量的注释信息数据库。网址如下 https://www.gencodegenes.org/ 官网提供了GTF和GFF3两种格式的文件以供下载,示意如下 ...
--help show thishelpmessage andexit-v, --version show program's version number and exit-d databse, --database databsewhich annotation database you choose. (default="ensembl", ucsc/ensembl)-g gtffile, --gtffile gtffileinput your GTF file with ".gz" format.-fa genome, --genome genome...