1. 先来点开Human的data部分; 2. 选择你想要的数据; 图2-2 GENCODE上关于Human的Data文件 大家可以看出来,GENCODE已经对数据做了非常好的整理,不但提供了各种类型数据的下载,而且在下方的Metadata部分,还解释了每一种数据的元数据。也就是不但告诉我们注释的结果,还告诉了我们为什么这么注释,真的很良心! 在这里...
The GENCODE Consortium aims to identify all gene features in the human genome using a combination of computational analysis, manual annotation, and experimental validation. Since the first public release of this annotation data set, few new protein-coding loci have been added, ye...
文件中共包含的基因和转录本的个数统计如下 1. human 2. mouse 在文件中,会给出基因或者转录本的类型信息,解释如下 protein_coding 蛋白编码基因 lincRNA 位于基因间区的长链非编码RNA non_coding 文献中证实的非编码RNA 完整的基因类型信息详见以下链接 https://www.gencodegenes.org/gencode_biotypes.html ·e...
文件中共包含的基因和转录本的个数统计如下 1. human 2. mouse 在文件中,会给出基因或者转录本的类型信息,解释如下 protein_coding 蛋白编码基因 lincRNA 位于基因间区的长链非编码RNA non_coding 文献中证实的非编码RNA 完整的基因类型信息详见以下链接 https://www.gencodegenes.org/gencode_biotypes.h...
The trunk, of course, is the extraordinary 8-year effort to develop ISO 8879, involving hundreds of people from all over the world. The roots of SGML: a personal recollection In the human genome, 15,787 lncRNA transcripts from 14,470 lncRNA genes have been identified, while the GENCODE ...
## ftp://ftp.sanger.ac.uk/pub/gencode/Gencode_human/release_26/GRCh37_mapping/gencode.v24lift37.pc_transcripts.fa.gz 其实你有gtf文件,也可以直接从参考基因组序列里面提取这个参考转录组及参考蛋白组,通常是gtf2fasta,随便搜索一下,一大堆方法。
gencode-高质量的基因注释信息数据库
Code and scripts for the RNA-seq analysis of project: Deciphering the cellular roles and dissecting functional regions of UPF3A and UPF3B in human NMD bioinformaticsrna-seqrdeseq2alternative-splicingsalmongencodenmdisoform-switchesleafcutter UpdatedDec 3, 2021 ...
Jen Harrow1, Sarah Hunt1, Anna-Elina Lehesjoki5, Daniel J Turner1, Tim J Hubbard1 and Aarno Palotie*,1,6,7,8 Sequencing the coding regions, the exome, of the human genome is one of the major current strategies to identify low frequency and rare variants associated with human disease...
FTP地址:ftp://ftp.sanger.ac.uk/pub/gencode/Gencode_human/可以下载该数据库的所有资料,而且整理的非常好,自己写脚本很容易处理得到自己想要的信息。 GENCODE最新版是v24,在linux系统里面用 wget -c -r -np -k -L -A "*metadata*"ftp://ftp.sanger.ac.uk/pub/gencode/Gencode_human/release_24/可...