GENCODE数据库是一个由国际研究团队维护的基因组注释项目,旨在为人类和小鼠基因组提供高质量的基因注释。GENCODE项目是ENCODE(Encyclopedia of DNA Elements)计划的一部分,ENCODE计划的目标是识别和注释人类基因组中的所有功能元件。 GENCODE数据库不仅包含已知的蛋白质编码基因,还包括非编码RNA基因、假基因、转录本变体等...
对于人和小鼠而言,NCBI, Ensembl等数据库都保存了对应的基因注释信息,不同数据库中的信息来源和可信度都不一样,gencode综合HAVANA和Ensembl 数据库中的信息,通过实验手段加以验证,从而构建一个高质量的注释信息数据库。网址如下 https://www.gencodegenes.org/ 官网提供了GTF和GFF3两种格式的文件以供下载,示意如下 ...
我以前通常是在EBI的ENSEMBL的FTP服务器下载,后来才发现了这个Gencode数据库,现在以这个为金标准啦! 数据库文章:The GENCODE v7 catalog of human long noncoding RNAs, 链接是http://genome.cshlp.org/content/22/9/1775.full FTP地址:ftp://ftp.sanger.ac.uk/pub/gencode/Gencode_human/可以下载该数据库...
gencode-高质量的基因注释信息数据库
二、数据的下载 FTP地址:ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/gencode/ 可以下载该数据库的所有资料,而且整理的非常好,自己写脚本很容易处理得到自己想要的信息。 以GENCODE v24为例,在linux系统里面用shell代码即可批量下载所有metadata数据 wget -c -r -np -k -L -A "*metadata*" ftp://ftp.sanger.ac...
miRNA数据库篇——RNAcentral RNAcentral:非编码RNA数据库RNAcentral是由EBI开发的一个非编码RNA数据库,整合了Ensembl,GENCODE,LNCipedia, miRbase, Rfam等多个数据库中的非编码RNA信息,旨在为ncRNA的研究提供一个统一的参照,网址如下https://rnacentral.org/ 目前最新版本为v10, 整合了来自miRBase v22和LNCipedia ...
ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/gencode/Gencode_human/release_32/gencode.v32.primary_assembly.annotation.gtf.gz 我猜这个和上面那个注释文件信息是一样的 https://www./human/stats.html b. 这个是toplevel的 ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/gencode/Gencode_human/release_32/gencode.v32...
1、人基因组在NCBI、UCSC、ENSEMBL、GENCODE数据库的版本对应 在用到人基因组相关信息时,经常用到的数据库有NCBI、UCSC、ENSEMBL。 NCBI的版本有GRCh36、GRCh37、GRCh38; UCSC的版本有hg18、hg19、hg38; ENSEMBL的版本就复杂多了,52/59/64/68/69/75/76/77/78/80/81/82. ...
1. Gencode 官网:https://www.gencodegenes.org/ 1.1 The GENCODE Project: Encyclopædia of genes and gene variants 2003年,为了鉴定人类基因组序列所有功能元件,开始了ENCODE(the Encyclopedia Of DNA Elements)计划,2012年初步完成。 为了更好地整合基因feature,开始了GENCODE计划。包括人和小鼠的注释。包括...
对于人和小鼠而言,NCBI, Ensembl等数据库都保存了对应的基因注释信息,不同数据库中的信息来源和可信度都不一样,gencode综合HAVANA和Ensembl 数据库中的信息,通过实验手段加以验证,从而构建一个高质量的注释信息数据库。网址如下 https://www.gencodegenes.org/ ...