需要准备的文件包括叶绿体基因组fasta文件和注释文件,注释文件要求的格式为.tbl,按照常理应该会有已经造好的轮子来利用常规的注释文件(比如genbank格式,或者gff3格式)来生成.tbl文件,可是自己找了将近两天的时间竟然没有找到(找到了一些python脚本或者小软件,但是都没有运行成功;同时也找到了NCBI提供的小软件table2asn_...
curl ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genomes/Saccharomyces_cerevisiae/CHR_X/NC_001142.gbk \|perlGenbank_to_gff3.pl-noCDS-instdin-out stdout \Options:--noinfer-r don't infer exon/mRNA subfeatures--conf-i path to the curation configuration file thatcontainsuser preferencesforGenbankentries(must beYA...
perl Genbank_to_gff3.pl*gbk.gz # process datafromURL,withChadoGFFmodel(-noCDS),and pipe to database loader curl ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genomes/Saccharomyces_cerevisiae/CHR_X/NC_001142.gbk \|perl Genbank_to_gff3.pl-noCDS-instdin-out stdout \Options:--noinfer-r don't infer exon/m...
需要准备的文件包括叶绿体基因组fasta文件和注释文件,注释文件要求的格式为.tbl,按照常理应该会有已经造好的轮子来利用常规的注释文件(比如genbank格式,或者gff3格式)来生成.tbl文件,可是自己找了将近两天的时间竟然没有找到(找到了一些python脚本或者小软件,但是都没有运行成功;同时也找到了NCBI提供的小软件table2asn_...
# GFF3 saved to ./E_coli.gbk.gff GBK格式,从ncbi网页上下载下来的.gb后辍的,一样可以分析的,看下下是用的正则表达式匹配的: gbk格式: 转换好的GFF3格式: 代码语言:javascript 复制 head E_coli.gbk.gff less -S 怎么样,有没有用,要不要收藏或者用起来呀? 如果在学习过程中有什么疑问欢迎大家留言讨...