GDSC数据下载的模块,分为4个模块,分别是ANOVA results、drug data、genetic features和bulk data。在分析中常用药物筛查IC50数据和多组学数据,故核心下载部分为bulk data。 1.ANOVA结果下载 在ANOVA结果下载页面,下方预览展示下载的内容(不同的列代表不同的项目,如药物ID、药物名、药物的别名、药物靶向的通路、药物的...
GDSC数据下载的模块,分为4个模块,分别是ANOVA results、drug data、genetic features和bulk data。在分析中常用药物筛查IC50数据和多组学数据,故核心下载部分为bulk data。 1.ANOVA结果下载 在ANOVA结果下载页面,下方预览展示下载的内容(不同的列代表不同的项...
AI检测代码解析 importpandasaspd# 读取药物敏感性数据drugs_data=pd.read_csv('GDSC_drug_sensitivity.csv')# 读取基因表达数据gene_expression_data=pd.read_csv('GDSC_gene_expression.csv')# 数据清理drugs_data.fillna(drugs_data.mean(),inplace=True)gene_expression_data.fillna(gene_expression_data.mean(...
[2] Yang, W., et al., Genomics of Drug Sensitivity in Cancer (GDSC): a resource for therapeutic biomarker discovery in cancer cells. Nucleic Acids Res, 2013. 41(Database issue): p. D955-61. [3] Roy, R., et al., Expression Levels of ...
GDSC有两种主要含义:一是指全球数字技能锦标赛(Global Digital Skills Competition),二是指癌症药物敏感性基因组学数据库(Genomics of Drug Sensitivity in Cancer)。以下分领域具体说明。 一、全球数字技能锦标赛(GDSC) 基本信息 全球数字技能锦标赛(GDSC2024)是第三届国际性赛事,聚焦数字技能领域,202...
肿瘤药敏数据库 1 GDSC数据库 公众号：生信小课堂 抗癌药物敏感性基因组学（GDSC， Genomics of Drug Sensitivity in Cancer） 由英国桑格研究院开发，收集肿瘤细胞对药物的敏感度和反应。是目前肿瘤细胞药物敏感性的最大公共资源。2020年6月跟新到了8.3 version GDSC中收录的518个抗癌化合物的作用广泛，涉及24种...
Drug.Name Cell.Line.Name Tissue Cancer.Type COSMIC.ID IC.Results.ID IC.50 IC.50.Low IC.50.High Beta 1 Bortezomib BC-3 B cell lymphoma blood 910918 1131350 -5.0189 -6.0704 -2.35070 1.60370 2 Bortezomib BC-1 B cell lymphoma blood 910919 1012645 -6.0692 -6.2088 -5.72720 1.72680 ...
GDSC provides a unique resource incorporating large drug sensitivity and genomic datasets to facilitate the discovery of new therapeutic biomarkers for cancer therapies. 展开 关键词: IDENTIFICATION DOI: 10.1093/nar/gks1111 被引量: 683 年份: 2013 ...
#GDSC数据库与R语言的使用 癌症研究领域的快速发展促使我们不断探索如何利用数据科学技术来加速迷人的发现。GDSC(Genomics of Drug Sensitivity in Cancer)数据库就是一个令人振奋的资源,资源中储存了大量关于癌症细胞系及其对应药物敏感性的数据。本文将通过R语言向您展示如何运用GDSC数据库进行数据分析和可视化。 ##GDS...
("/data/shumin/GDSC/BRCA/calcPhenotype_Output/DrugPredictions.csv",header=T,stringsAsFactors=F,check.names=F)names(result)[1]<-"submitter_id.samples"result[1:4,1:4]## submitter_id.samples Camptothecin_1003 Vinblastine_1004 Cisplatin_1005## 1 TCGA-E9-A1NI-01A 2.0801021 1.6722196 249.18844## ...