GDSC数据库现包含了两套主要的数据集:GDSC1和GDSC2。GDSC1(收录2010 -2015)是对来自桑格研究所(Wellcome Sanger Institute)和麻省总医院(Massachusetts General Hospital)的药物筛选数据进行了更新。剂量反应拟合中现在已包括可用的重复数据,以改进IC50估计数。43,496个新的IC50结果(药物-细胞系对)已经添加到以前的数据...
bulk data是下载数据的核心界面,该页面提供了药物筛查试验的数据和细胞系基因组学数据。 GDSC储存了细胞系的药物敏感性数据:包括药物-细胞系反应的原始数据和IC50数据(半抑制浓度,凋亡细胞与全部细胞数之比等于50%时所对应的药物浓度,反应细胞对药物的耐受程度。IC50值越低,则说明细胞对药物越敏感)。在后续的探究中,...
GDSC中收录的518个抗癌化合物的作用广泛，涉及24种通路 GDSC内部由GDSC1和GDSC2两个数据库组成。GDSC1主要收录的是2010-2015年间的测序和试验结果。最新版本的GDSC1包含有987个细胞系，367个抗癌化合物，以及310904个药物反应IC50值和AUC值。GDSC2主要收录的是2015至今的测序和试验的结果。最新版本的GDSC2包含有809...
DataBase肿瘤药物敏感性基因组学数据库GDSC DataBase肿瘤药物敏感性基因组学数据库GDSC https://www.cancerrxgene.org/ Genomics of Drug Sensitivity in Cancer (GDSC)，提供免费公开的肿瘤治疗基因组数据，致⼒于发现潜在的肿瘤治疗靶点以改善肿瘤治疗，是全球最⼤的同类型公共数据库。⾸页可见，GDSC数据库⽀...
📚GDSC数据库,一个宝藏般的资源,为癌症细胞中的治疗标志物发现提供了有力支持。它不仅提供了药物的基本信息,如IC50、靶点和信号通路检索,还整合了药物、基因和疾病信息,实现了三者的相互查询。🔍💡想要深入了解药物的敏感性吗?GDSC数据库是你的不二之选。它不仅涵盖了耐药和敏感相关基因,还整合了药物、基因和疾...
前面我们介绍了GDSC数据库,接下来我们来了解一下其他的肿瘤药敏数据库。这些数据库的共同点目标均是以体外试验作为体内试验的研究基础,最终的目标均是为了实现肿瘤精准医疗。 1. NCI 60 NCI60人肿瘤细胞系抗癌药物发现项目始于1986年,创建的60种细胞系代表9种人类癌症:乳腺癌...
GDSC数据库与R语言的使用 癌症研究领域的快速发展促使我们不断探索如何利用数据科学技术来加速迷人的发现。GDSC(Genomics of Drug Sensitivity in Cancer)数据库就是一个令人振奋的资源,资源中储存了大量关于癌症细胞系及其对应药物敏感性的数据。本文将通过R语言向您展示如何运用GDSC数据库进行数据分析和可视化。
首先了解数据并且读取到R里面查看 代码是: setwd("pcaAnalysis/") gdsc_mutDat <- read.csv("../Data/GdscPdata/gdsc_manova_input_w2.csv", as.is=TRUE) gdsc_mutDat[1:6,1:6] rownames(gdsc_mutDat) <- gdsc_mutDat[,1] load(file="../Data/GdscProcData/gdsc_brainarray_syms.RData") dim...
GDSC数据库的一个重要组成部分是大规模基因组和药物敏感性数据集的系统整合。为了确定药物反应的基因组标记,目前使用两种补充分析方法。使用多变量方差分析(MANOVA)将药物敏感性(IC50值和剂量-反应曲线的斜率)与癌症中的基因组改变相关联,包括点突变、普通癌症基因的扩增和缺失、癌症基因重排和微卫星不稳定性。 MANOVA识...
GDSC数据库(Genomics of Drug Sensitivity in Cancer)提供了包含基因组学和药物敏感性信息的大量癌症细胞系数据。在这个数据库中,我们可以利用这些数据来计算基因与药物IC50(对50%细胞生长抑制的药物浓度)之间的相关性。 接下来,我们可以使用线性回归模型来计算基因与IC50之间的相关性。线性回归模型可以帮助我们了解基因...