但一般情况下,对于一个包含很多队列的meta分析,我们无法获取个体的基因型数据,所以不能计算X′X(转化为联合效应时必须的步骤),但X′X本质上是一个SNP基因型的协方差矩阵,我们可以通过1.meta-analysis的基因型频率,与2.从可以获得基因型的参考样本计算而得的SNP之间的LD,来进行估计。这样的基于meta的基因频率与参...
这样的基于meta分析的基因频率与参考队列的LD的估计过程也可以用在相应的条件分析之中。(详细推导过程见原文) 使用方法: COJO内置于GCTA软件中: 输入文件为 来自meta分析的概括性数据 summary-level statistics from a meta-analysis GWAS 参考样本的基因组文件 plink格式 -cojo-file [test.ma](<http://test.ma/...