# Perform single-SNP association analyses conditional on a set of SNPs (given in the file cond.snplist) without model selection gcta64 --bfile test --chr 1 --maf 0.01 --cojo-file test.ma --cojo-cond cond.snplist --out test_chr1 输出文件格式 结尾为.jma的文件 (使用-cojo-slct 或 -...
这样的基于meta分析的基因频率与参考队列的LD的估计过程也可以用在相应的条件分析之中。(详细推导过程见原文) 使用方法: COJO内置于GCTA软件中: 输入文件为 来自meta分析的概括性数据 summary-level statistics from a meta-analysis GWAS 参考样本的基因组文件 plink格式 -cojo-file [test.ma](<http://test.ma/...
4. 内存报错 如果内存报错,建议用64位的GCTA。因为32位最多支持4G内存,可能不够。 5. 分析非人类的数据 如果分析的是动物数据,需要设置染色体条数。 6. 为什么我的遗传力是0.9999? 对于case-contral数据,可以设置--reml-no-constrain,这样有可能遗传力大于1. 对于连续性状数据,样本量少的话,标准误比较大,有可...