即使你的研究对象只是一部分SNP,在准备输入文件时,也要准备所有SNP的概括性数据,主要原因是GCTA-COJO需要所有SNP的概括性数据来计算表型方差。可以使用--extract选项来限制COJO分析的区域。 COJO分析中可用的选项: --cojo-slct 通过逐步法筛选出独立关联的SNP。结果将保存在*.jma文件中,还会有一个额外的文件*.jma....
GCTA-COJO使用方法 参考样本的选择 参考 背景介绍: 通常情况下GWAS或是meta分析检验的是基于单个SNP模型的相关,所估计的效应量为被检验SNP的边际效应,但相比于多SNP模型的联合效应,单个SNP模型的边际效应并没有考虑该SNP与周围SNP的LD。 这会带来两个问题: 如果两个SNP成负相关,那么这两个SNP的效应都会被减弱。