特定bin校正后的覆盖度 = 该bin的原始覆盖度 ×(所有bin的平均覆盖度/与该bin的有相同GC含量的所有bin的平均覆盖度) 还有算法计算了每个bin的GC含量与观察到的depth之间的关联性,拟合出一条趋势线,用原始的覆盖度减去该趋势。 结果 有研究表明在需要考虑GC偏好带来的影响的实验中,通过GC校正能显著改善结果。
GC depth分布图可以看出测序是否有明显的GC偏向。如果存在样品污染，通常能够从GC含量分析中呈现出来，出现独立的序列簇，类似Bin。2 计算碱基depth 3 计算GC depth samtools stats 地址： http://www.htslib.org/doc/samtools-stats.html metabat2所带程序 4 GC depth GC content可以自己写脚本计算...
AI代码解释 a=read.table('../tmp.txt')a$GC=a[,4]/a[,3]a$depth=a[,5]/a[,3]a=a[a$depth<100,]plot(a$GC,a$depth)library(ggplot2)#GETEQUATIONANDR-SQUAREDASSTRING#SOURCE:http://goo.gl/K4yh lm_eqn<-function(x,y){m<-lm(y~x);eq<-substitute(italic(y)==a+b%.%italic(x)...
还有算法计算了每个bin的GC含量与观察到的depth之间的关联性,拟合出一条趋势线,用原始的覆盖度减去该趋势。 结果 有研究表明在需要考虑GC偏好带来的影响的实验中,通过GC校正能显著改善结果。 参考: Yoon, Seungtai, et al. “Sensitive and accurate detection of copy number variants using read depth of coverag...
5. Breadth and Depth: From both broad and deep content with a lot of information to seriously lacking breadth and depth with minimal information. 6. Reading Experience: From excellent reading experience, engaging and easy to understand content to very poor reading experience, boring and hard to ...
该模型可以不断遍历,直到所有节点都是纯节点。但是,这将是一个过于具体的模型,并且不能很好地概括。它通过训练集实现了高精度,但在新的、以前未见过的数据点上表现不佳,这表明过度拟合。树的深度由scikit-learn 中决策树算法的max_depth参数控制。 决策树算法通常不需要对特征进行归一化或缩放。它也适用于混合...
图4过剩压力与均方根振幅(RMS)相关性散点图 3 过剩压力与气体富集关系 根据过剩压力与地震均方根关系, 在地震属性约束下能够实现过剩压力平面预测, 进而开展井点处过剩压力与气体富集关系研究。 3.1 过剩压力预测 计算过剩压力井点363个, 扣除平面控制井点16个做为备用验证点, 利用剩余347个井点做基点, 采用均...
Fluent software was used to establish a two-dimensional model by means of simulated numerical analysis method.The placement depth of air-lift mixer, slag cleaning pressure of air compressor and slag diameter are taken as the research ob- jects.It is concluded that the air-lift reverse circulatio...
该研究提出了一个在基于扩散的生成模型中实现上下文学习的框架——Prompt Diffusion。给定一对特定任务的示例图像,如 depth from/to image 和 scribble from/to image,以及文本指导,该模型可以自动理解底层任务,并根据文本指导在新的查询图像上执行相同的任务。
还有算法计算了每个bin的GC含量与观察到的depth之间的关联性,拟合出一条趋势线,用原始的覆盖度减去该趋势。 结果 有研究表明在需要考虑GC偏好带来的影响的实验中,通过GC校正能显著改善结果。 参考: Yoon, Seungtai, et al. “Sensitive and accurate detection of copy number variants using read depth of coverag...