IF=5.6|GBM单细胞数据挖掘实践 IF=5.6|GBM单细胞数据挖掘实践 TCGA数据挖掘已经烂大街, 单细胞与空间转录组数据分析近年来十分火热,公开的数据也越来越多, 如果结合单细胞数据做生信挖掘分析发文相对新颖且容易得多,接下来我们介绍相应的挖掘文章思路,再利用我们提供的代码可以轻松复现文章中单细胞分析部分. 1.GBM单...
该研究通过整合单细胞RNA测序(scRNA-seq)本研究探讨了高糖饮食(HGD)补充对胶质母细胞瘤(GBM)小鼠模型抗肿瘤免疫反应的调控作用。通过建立同源GL261和CT-2A小鼠GBM模型,结合单细胞RNA测序(scRNA-seq)、16S rRNA基因测序、荧光激活细胞分选(FACS)及生存分析等技术,发现长期(5周)HGD补充显著提高小鼠存活率,其机制依赖于...
单细胞RNA测序表明,调节肠道微生物群能够增强GBM小鼠的T细胞介导的抗肿瘤免疫反应。而且由于其与抗程序性细胞死亡蛋白1(anti - PD - 1)免疫检查点抑制剂的协同作用,GBM中的细胞毒性CD4 + T细胞群增加了,不过这种效果需要依赖HGD补充才能实现。 Ayi 原来如此,那这项研究有什么意义呢? Ataomeng 这就表明HGD补充剂...
近期,比利时布鲁塞尔炎症研究中心VIB髓细胞免疫学实验室的Kiavash Movahedi等在初发和复发GBM及小鼠GBM模型中,应用scRNA-seq、CITE-seq和免疫组化等技术,明确GBM在初发和复发过程中相关髓系细胞的异质性及靶向髓系细胞治疗的前景,结果发表于2021年3月的《Nature Neuroscience》在线。
在胶质母细胞瘤(GBM)中,受体酪氨酸激酶(receptor tyrosine kinase,RTK)治疗的效果不佳是遗传异质性或信号传导阻滞的表观遗传变化所造成。美国马萨诸塞州波士顿总医院和哈佛医学院放射肿瘤科的Christine E. Eyler等通过GBM细胞系条形码结合单细胞转录组学追踪使用RTK抑制剂时,GBM干细胞耐药的发生状况。文章发表在2020年...
胶质母细胞瘤(GBM)是成人最常见的原发性恶性脑肿瘤,由于肿瘤核心外的侵袭性细胞通常不受局部治疗的影响,其弥漫性生长而难以治愈。以往研究表明,GBM存在异质性。目前仍缺乏GBM单细胞水平的研究,缺乏肿瘤微环境中神经元、小胶质细胞、免疫细胞和血管细胞之间的相互作用的研究。...
综上所述,作者通过4个细胞亚群标记从新鲜GBM中分离出单细胞:星形胶质细胞、小胶质细胞、内皮细胞和干细胞。单细胞测序的基因拷贝变异分析能够区分肿瘤微环境中的细胞类别,这种分析方法非常灵敏、准确地显示分子特征,有助于了解肿瘤发展机制。 组稿 花玮 副...
前面我们介绍了单细胞转录组表达矩阵可以推断CNV的文献出处及历史,也简单过了broad开发的inferCNV软件,在其提供的测试数据上面成功运行了,也测试了airway这个转录组数据,还测试了CCLE数据库的RNA-seq和microarray数据,发现效果都不好,也暂时没能搞清楚问题出在哪里。
单细胞测序(Single-cell RNA sequencing,scRNA-Seq)技术对肿瘤细胞转录组进行扩增和测序可以有效揭示肿瘤内部不同肿瘤细胞特征,这将为从细胞水平系统深入探索GBM瘤内异质性提供新的研究途径.因此,本课题基于GBM单细胞RNA-Seq数据等,利用无监督聚类方法将GBM肿瘤细胞分为五组,分别为NR,NM,MT,MTA和STC.不同组肿瘤细胞...
该研究通过对20例成年人GBM和8例儿童GBM样本进行单细胞RNA测序(scRNA-Seq),同时整合TCGA 401例GBM患者的大体测序数据,发现在GBM中存在四种不同类型的细胞状态,而这是驱动GBM异质性的关键所在。接着,本研究从遗传物质和肿瘤微环境层面,对四种状态细胞之间的关系进行了探索研究;最后通过体外细胞、体内小鼠和PDX模型实验...