GBFF文件转GFF文件 从NCBI上下载下来的GBFF文件,使用python脚本可以转化为GFF文件 https://blog.csdn.net/weixin_42677653/article/details/116398985 这个脚本可以直接使用,将py脚本文件和你要处理的文件夹放一起,然后进入这个文件夹,输入:python gbff2gff3.py运行这个文件,然后按照他的提示进行操作就可以了。
bashrc文件最后一行加入bioperl模块调用路径 export PERL5LIB="/public/home/wlxie/miniconda3/envs/biosoft/lib/perl5/site_perl/5.22.0/:$PERL5LIB" 这样所有的配置就完成了。 3. gbff格式转换gff3 github上有许多gbff格式转gff3格式的脚本代码,有用biopython做的,也有bioperl做的,可能是我配置的问题,试了几...
perlgbff2gff.plfile.gbff 根据两个脚本都能得到gff文件,输出结果经检查,我的结果的差别是在表头有无注释行存在差别。但注释行对于整个结果的影响较小,(第二种方法少了开头的鸡几行注释)。 如果你在使用之后,可以用linux中的diff命令进行验证。 #Linuxdiff命令用于比较文件的差异。 diff以逐行的方式,比较文本文件...
GBFF），这个文件可以转为GFF格式么，或者这个文件怎么用不建议用NCBI上的GFF文件，里面的文件不标准；...