GBFF文件转GFF文件 从NCBI上下载下来的GBFF文件,使用python脚本可以转化为GFF文件 https://blog.csdn.net/weixin_42677653/article/details/116398985 这个脚本可以直接使用,将py脚本文件和你要处理的文件夹放一起,然后进入这个文件夹,输入:python gbff2gff3.py运行这个文件,然后按照他的提示进行操作就可以了。
perlgbff2gff.plfile.gbff 根据两个脚本都能得到gff文件,输出结果经检查,我的结果的差别是在表头有无注释行存在差别。但注释行对于整个结果的影响较小,(第二种方法少了开头的鸡几行注释)。 如果你在使用之后,可以用linux中的diff命令进行验证。 #Linuxdiff命令用于比较文件的差异。 diff以逐行的方式,比较文本文件...
不建议用NCBI上的GFF文件，里面的文件不标准；你换个地方下载基因组吧；
请问有大佬会gbff格式文件转换成gff格式文件吗? 只看楼主收藏回复 Ganat6 生物分子 1 请问有大佬会gbff格式文件转换成gff格式文件吗?送TA礼物 来自iPhone客户端1楼2021-04-17 00:54回复 狂奔的烤土豆 纽形动物 9 不会 来自Android客户端2楼2021-04-17 08:14 回复 ...
基因组注释文件gbff格式转换gff3格式 前几天老师布置了一个任务,寻找夹竹桃科Apocynaceae分类下的物种参考基因组,我在plaBiPD网站和NCBI的genome数据库中只找到包括罗布麻在内的5个已发表物种参考基因组,且都是gbff格式的。提交之后被告知需要gff格式的,因为gbf格式中没有基因相关结构的位置信息。找了一个perl脚本完成了...