[0,9]: 'MQRankSum < -12.5;' undefined variable MQRankSum 你的vcf文件中,有的行INFO那一列没有“MQRankSum” or "ReadPosRankSum"信息,所以才会出现这样的警告, 可以用“grep -v MQRankSum your_vcf”查找出来,这不是运行错误,可以不管继续进行后续分析; 若想要去除这个警告可以这样做 /home/software/...
运行过程中有warning显示undefined variable image.png 在论坛中搜索后得知,https://gatk.broadinstitute.org/hc/en-us/community/posts/4408733963803-GATK-Variant-Filtration-undefined-variable,这些警告最有可能出现在文件中没有 ReadPosRankSum 或 MQRankSum 值的位置,指出 VariantFiltration 将无法在不存在这些注释的...
RMSMappingQuality (MQ): 所有样本中比对质量的平方根 MappingQualityRankSumTest (MQRankSum): 根据REF和ALT的read的比对质量来评估可信度 ReadPosRankSumTest (ReadPosRankSum) : 通过变异在read的位置来评估变异可信度,通常在read的两端的错误率比较高 StrandOddsRatio (SOR) : 综合评估strand bias的可能性 在...